Занятие 3


1. Укоренение в среднюю точку Деревья построенные алгоритмом UPGMA ультраметрические и укоренненые. По этому укоренять их бесполезно.
Я укоренила в среднюю точку деревьево, построенное при выполнении
задания 4 предыдущего занятия методом neighbor-joining.
Для этого я использовала программу retree пакета PHYLIP.


Дерево до укоренения


Дерево после укоренения


Правильное дерево


Дерео укоренилось в
ветвь {FINM2,LACDA,LACAC,ENTFA} против {CLOTE,CLOB1,BACAN,BACSU,GEOKA}
относительно правильного дерева укоренение неправильное, укорененная ветвь разделяет дерево не на теже множества, что и в правильном дереве.
2. Использование внешней группы
Деревья, построенные методом максимальной экономии ("Maximum parsimony") невозможно укоренить в среднюю точку, при этом методе учитывается количествово мутацый, а не растояние между ветвями. Я воспользовалась укоренением с помощью внешней группы. Реконструиролала методом максимальной экономии укоренённое дерево отобранных мной бактерий, используя в качестве внешней группы белок семейства RS2 из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI).
Дерево с ветвью ECOLI в качестве корня


Дерево без внешней группы


Правильное дерево


{FINM2,CLOTE,CLOB1} против {LACDA,LACAC,ENTFA,BACAN,BACSU,GEOKA}
Полученное дерево очень похоже на правильное (отличие только расположение BACAN). относительно правильного дерева укоренение правильное.
3. Бутстрэп
Я провела бутстрэп-анализ филогении моих белков, используя один из методов, доступных из прграммы MEGA. Для этого в окошке, которое открывается после вызова программы, в меню "Test of Phylogeny" выбрала "Bootstrap method". Число реплик, равное 100. Bootstrap consensus tree


Original tree


Правильное дерево


Полученные деревья не отличаются, следовательно в данном случае не важно строилось дерево по половине данных или по всем.
© Julia Chudakova