Эволюционный домен SH2
Описание домена SH2 из Pfam:
AC PF00017
ID SH2
Белковый домен SH2, позволяющий содержащим его белкам взаимодействовать с фосфорилированными тирозинами других белков.
Белки, содержащие этот домен, обычно участвуют в передаче сигнала рецептору тирозин-киназы.
ссылка в Pfam на домен SH2
Домену соответствуют 9081 последовательность, 379 архитектур, 283 вида.
Архитектуры:
| домены входящие в архитектуру |
схема |
количество последовательностей |
| SH3_1, SH2, Pkinase_Tyr |
 |
865 |
| PID, SH2 |
 |
242 |
Описание доменов:
SH3_1- домен цитоплазматических тирозин-киназ и фосфолипаз, не входящий в их каталитические центры.
ссылка в Pfam на домен SH2\3_1
Pkinase_Tyr- домен тирозин-киназны.
ссылка в Pfam на домен Pkinase_Tyr
PID- домен, взаимодействующий с фосфорилированным тирозином.
ссылка в Pfam на домен PID
Выбор таксонов и подтаксонов:
Для архитектуры SH2+SH3_1+Pkinase_Tyr было выбрано 12 последовательностей с систематикой Metazoa, Chordata и 13 с систематикой Metazoa, Ecdysozoa,3 с систематикой Metazoa, Platyhelminthes, 4 с систематикой Metazoa Porifera.
Для архитектуры PID+SH2 было выбрано 24 последовательностей с систематикой Metazoa, Chordata и 15 с систематикой Metazoa, Ecdysozoa.
Excel-файл.
Ниже представлено полученное выравнивание. Чтобы добиться хорошего результата, пришлось его подредактировать.
Я удалила одну последовательности. Окраска ClustalX с порогом консервативности 30%.
Итоговое выравнивание.
Построение филогенетического дерева по выравниванию представителей домена:
Я периеновала последовательности.
Теперь имена последовательностей имеют вид:
(порядковый номер домена в архитектуре)_(chord, ecdys, platy, porif)_proteinAC
Я воспользовалась алгоритмами Neighbour-Joining (без укоренения и без молекулярных часов) и UPGMA (с укоренением и молекулярными часами) и построила два дерева.
Желтым и зеленым на деревьях окрашены две разные архитектуры.
Оба метода разделили последовательности на две большие клады- на две архитектуры.
Похоже, обособление этих двух архитектур произошло очень рано.
© Julia Chudakova
