Функциональная роль гена P31738 в подсистеме.
1.
Белок учавствует в T2SS protein I системе секреции II типа. Белок принадлежит к GSP I семейству.
Это консервативная система секреции, служащая для того, чтобы выводить в окружающую среду
различные токсины и протеазы. В типичном случае эта система представлена 12-16 белками,
ассоциированными в большой комплекс, проходящий через всю периплазму и соединяющий
внутреннюю и внешнюю мембраны.
2.
Идентификаторы GO (GO:0015031, P:protein transport). Эти идентификаторы указывают нам, что
мы имеем дело с белковым транспортом, а если точнее то с направленным движением белков в,
из или внутри клетки, между клетками с помощью некоторых посредников, таких как переносчики,
пора и другие.
3.
График нормирован на белок GSP protein I, (красный цвет). Наборы генов с похожей
последовательностью сгруппированы (одинаковый номер и цвет).
То же самое, только окрестность увеличена на 15000 н.п. и число ортологов около 50.
Если мы посмотрим на первую картинку, то мы можем сказать, что почти все гены, около центрального (красной стрелки)
колокализованы с ним. Причем все эти гены (стрелки 11, 8, 6, 7, 9, 10, 12) относятся к GSP
разных типов, таким образом, также связаны с секрецией второго типа и образуют с нашим белком
мультибелковый комплекс, их гомология понятна. Различие видно на примере генов 3 и 2
(протеаза и белок внешней мембраны соответственно). Их положение сходно, но в некоторых
случаях наблюдаются сдвиги или разбиения. Если посмотреть на вторую картину (со сдвигом),
то становится ещё более понятным, что у родственных бактерий колокализованы с нашим геном
лишь небольшое число генов, причем все они относятся к GSP семейству. И не совсем ясно, что с
остальными генами. Например, в одних организмах наблюдаются прямо консервативные гены
(например 15, 16, 14 и 17), а уже в других они пропадают.
© Julia Chudakova