Поиск гипотетических гомологов
изучаемого белка в разных банках.
Таблица 1. Результаты поиска гипотетических
гомологов белка IOLA_BACSU.
| |
Поиск по Swiss-Prot |
Поиск по PDB |
Поиск по "nr" |
1. Лучшая находка (в принципе должна соответствовать заданному белку)
|
| Accession |
P42412.1. |
1T90_A. |
EHA31950.1. |
| E-value |
0.0. |
0.0. |
0.0. |
| Вес (в битах) |
1000. |
999. |
1001. |
| Процент идентичности |
100%. |
99%. |
100%. |
2. Сколько хороших кандидатов в гомологи найдено?
(число находок в списке описаний с E-value < 1e-10)
|
100 |
83 |
100 |
3. "Худшая из удовлетворительных" находка (
последняя в выдаче с E-value < 1)
|
| Номер находки в списке описаний |
100. |
91. |
100. |
| Accession |
C6DKY5.1. |
3MY7 A. |
ZP_08532557.1. |
| E-value |
2e-76. |
0.071. |
0.0. |
| Вес (в битах) |
254. |
35.4. |
679. |
| % идентичности |
35%. |
19%. |
67%. |
| % сходства |
52%. |
36%. |
81%. |
| Длина выравнивания |
490. |
452. |
486. |
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке) |
10-477 и 10-479. |
142-438 и 103-399. |
4-481 и 7-486. |
| Число гэпов |
12. |
42. |
2. |
2.Поиск гипотетических гомологов изучаемого белка с фильтром по таксонам.
Я начала поиски гомолога с царства Eukaryota, и, к моему удивлению,
программа BLAST нашла 100 эукариотных белков, которые предположительно
могут быть гомологами. Можно предположить, что белок IOLA_BACSU произошел от
очень древнего, важного и имеющего консервативную
последовательность белка, но мне кажется (судя по данным преведеным
в таблице ниже) эти белки гомологичны только гипотетически.
| Номер находки в списке описаний
| 1
|
| Accession
| Q9EQ20.1
|
| E-value
| 8*10-154
|
| Вес (в битах)
| 448 bits
|
| % идентичности
| 44%
|
| % сходства
| 67%
|
| Длина выравнивания
| 535
|
| Координаты выравнивания (от-до, в запросе и в находке)
| от 7/40 до 483/518
|
| Число гэпов
| 4
|
3.Сравнение выравниваний, выданных программой BLASTP, с
оптимальными глобальным и локальным выравниваниями.
>sp|Q9EQ20.1|MMSA_MOUSE Gene info linked to Q9EQ20.1 RecName: Full=Methylmalonate-semialdehyde dehydrogenase [acylating],
mitochondrial; Short=MMSDH; Short=Malonate-semialdehyde
dehydrogenase [acylating]; AltName: Full=Aldehyde dehydrogenase
family 6 member A1; Flags: Precursor
Length=535
GENE ID: 104776 Aldh6a1 | aldehyde dehydrogenase family 6, subfamily A1
[Mus musculus] (Over 10 PubMed links)
Score = 448 bits (1152), Expect = 8e-154, Method: Compositional matrix adjust.
Identities = 212/482 (44%), Positives = 321/482 (67%), Gaps = 4/482 (1%)
Query 7 LKNYINGEWVESKTDQYEDVVNPATKEVLCQVPISTKEDIDYAAQTAAEAFKTWSKVAVP 66
+K +I+G++VESK+D++ D+ NPAT EV+ +VP STK ++D A ++ AF W+ ++
Sbjct 40 VKLFIDGKFVESKSDKWIDIHNPATNEVVGRVPQSTKAEMDAAVESCKRAFPAWADTSIL 99
Query 67 RRARILFNFQQLLSQHKEELAHLITIENGKNTKEALGEVGRGIENVEFAAGAPSLMMGDS 126
R ++L +QQL+ ++ +E+A LIT+E GK +A G+V RG++ VE A SLM+G++
Sbjct 100 SRQQVLLRYQQLIKENLKEIARLITLEQGKTLADAEGDVFRGLQVVEHACSVTSLMLGET 159
Query 127 LASIATDVEAANYRYPIGVVGGIAPFNFPMMVPCWMFPMAIALGNTFILKPSERTPLLTE 186
+ SI D++ +YR P+GV GIAPFNFP M+P WMFPMA+ GNTF++KPSER P T
Sbjct 160 MPSITKDMDLYSYRLPLGVCAGIAPFNFPAMIPLWMFPMAMVCGNTFLMKPSERVPGATM 219
Query 187 KLVELFEKAGLPKGVFNVVYGAHDVVNGILEHPEIKAISFVGSKPVGEYVYKKGSENLKR 246
L +L + +G P G N+++G HD VN I +HP+IKAISFVGS GEY++++GS N KR
Sbjct 220 LLAKLLQDSGAPDGTLNIIHGQHDAVNFICDHPDIKAISFVGSNQAGEYIFERGSRNGKR 279
Query 247 VQSLTGAKNHTIVLNDANLEDTVTNIVGAAFGSAGERCMACAVVTVEEGIADEFMAKLQE 306
VQ+ GAKNH +V+ DAN E+T+ +VGAAFG+AG+RCMA + + G A +++ +L +
Sbjct 280 VQANMGAKNHGVVMPDANKENTLNQLVGAAFGAAGQRCMALSTAIL-VGEAKKWLPELVD 338
Query 307 KVADIKIGNGLDDGVFLGPVIREDNKKRTLSYIEKGLEEGARLVCDGRE---NVSDDGYF 363
+ ++++ G G LGP+I K+R + I+ G +EGA ++ DGR ++G F
Sbjct 339 RAKNLRVNAGDQPGADLGPLITPQAKERVCNLIDSGTKEGASILLDGRRIKVKGYENGNF 398
Query 364 VGPTIFDNVTTEMTIWKDEIFAPVLSVIRVKNLKEAIEIANKSEFANGACLFTSNSNAIR 423
VGPTI NV MT +K+EIF PVL V+ + L EAI+I N + + NG +FT+N R
Sbjct 399 VGPTIISNVKPSMTCYKEEIFGPVLVVLETETLDEAIKIVNDNPYGNGTAIFTTNGATAR 458
Query 424 YFRENIDAGMLGINLGVPAPMAFFPFSGWKSSFFGTLHANGKDSVDFYTRKKVVTARYPA 483
+ +D G +G+N+ +P P+ F F+G +SSF G + GK + FYT+ K +T+++
Sbjct 459 KYAHMVDVGQVGVNVPIPVPLPMFSFTGSRSSFRGDTNFYGKQGIQFYTQLKTITSQWKE 518
Query 484 PD 485
D
Sbjct 519 ED 520
# Aligned_sequences: 2
# 1: IOLA_BACSU
# 2: MMSA_MOUSE
# Matrix: EBLOSUM62
# Gap_penalty: 10.0
# Extend_penalty: 0.5
#
# Length: 487
# Identity: 212/487 (43.5%)
# Similarity: 323/487 (66.3%)
# Gaps: 4/487 ( 0.8%)
# Score: 1136.0
#
#
#=======================================
IOLA_BACSU 2 AEIRKLKNYINGEWVESKTDQYEDVVNPATKEVLCQVPISTKEDIDYAAQ 51
:.:..:|.:|:|::||||:|::.|:.||||.||:.:||.|||.::|.|.:
MMSA_MOUSE 35 SSVPTVKLFIDGKFVESKSDKWIDIHNPATNEVVGRVPQSTKAEMDAAVE 84
IOLA_BACSU 52 TAAEAFKTWSKVAVPRRARILFNFQQLLSQHKEELAHLITIENGKNTKEA 101
:...||..|:..::..|.::|..:|||:.::.:|:|.|||:|.||...:|
MMSA_MOUSE 85 SCKRAFPAWADTSILSRQQVLLRYQQLIKENLKEIARLITLEQGKTLADA 134
IOLA_BACSU 102 LGEVGRGIENVEFAAGAPSLMMGDSLASIATDVEAANYRYPIGVVGGIAP 151
.|:|.||::.||.|....|||:|:::.||..|::..:||.|:||..||||
MMSA_MOUSE 135 EGDVFRGLQVVEHACSVTSLMLGETMPSITKDMDLYSYRLPLGVCAGIAP 184
IOLA_BACSU 152 FNFPMMVPCWMFPMAIALGNTFILKPSERTPLLTEKLVELFEKAGLPKGV 201
||||.|:|.||||||:..||||::|||||.|..|..|.:|.:.:|.|.|.
MMSA_MOUSE 185 FNFPAMIPLWMFPMAMVCGNTFLMKPSERVPGATMLLAKLLQDSGAPDGT 234
IOLA_BACSU 202 FNVVYGAHDVVNGILEHPEIKAISFVGSKPVGEYVYKKGSENLKRVQSLT 251
.|:::|.||.||.|.:||:|||||||||...|||::::||.|.||||:..
MMSA_MOUSE 235 LNIIHGQHDAVNFICDHPDIKAISFVGSNQAGEYIFERGSRNGKRVQANM 284
IOLA_BACSU 252 GAKNHTIVLNDANLEDTVTNIVGAAFGSAGERCMACAVVTVEEGIADEFM 301
|||||.:|:.|||.|:|:..:||||||:||:||||.: ..:..|.|.:::
MMSA_MOUSE 285 GAKNHGVVMPDANKENTLNQLVGAAFGAAGQRCMALS-TAILVGEAKKWL 333
IOLA_BACSU 302 AKLQEKVADIKIGNGLDDGVFLGPVIREDNKKRTLSYIEKGLEEGARLVC 351
.:|.::..::::..|...|..|||:|....|:|..:.|:.|.:|||.::.
MMSA_MOUSE 334 PELVDRAKNLRVNAGDQPGADLGPLITPQAKERVCNLIDSGTKEGASILL 383
IOLA_BACSU 352 DGRE---NVSDDGYFVGPTIFDNVTTEMTIWKDEIFAPVLSVIRVKNLKE 398
|||. ...::|.||||||..||...||.:|:|||.|||.|:..:.|.|
MMSA_MOUSE 384 DGRRIKVKGYENGNFVGPTIISNVKPSMTCYKEEIFGPVLVVLETETLDE 433
IOLA_BACSU 399 AIEIANKSEFANGACLFTSNSNAIRYFRENIDAGMLGINLGVPAPMAFFP 448
||:|.|.:.:.||..:||:|....|.:...:|.|.:|:|:.:|.|:..|.
MMSA_MOUSE 434 AIKIVNDNPYGNGTAIFTTNGATARKYAHMVDVGQVGVNVPIPVPLPMFS 483
IOLA_BACSU 449 FSGWKSSFFGTLHANGKDSVDFYTRKKVVTARYPAPD 485
|:|.:|||.|..:..||..:.|||:.|.:|:::...|
MMSA_MOUSE 484 FTGSRSSFRGDTNFYGKQGIQFYTQLKTITSQWKEED 520
# Length: 536
# Identity: 212/536 (39.6%)
# Similarity: 323/536 (60.3%)
# Gaps: 50/536 ( 9.3%)
# Score: 1133.0
#
#
#=======================================
IOLA_BACSU 1 ---------------------------------MAEIRKLKNYINGEWVE 17
.:.:..:|.:|:|::||
MMSA_MOUSE 1 MAAAVAAAAAMRSRILQVSSKVNATWYPASSFSSSSVPTVKLFIDGKFVE 50
IOLA_BACSU 18 SKTDQYEDVVNPATKEVLCQVPISTKEDIDYAAQTAAEAFKTWSKVAVPR 67
||:|::.|:.||||.||:.:||.|||.::|.|.::...||..|:..::..
MMSA_MOUSE 51 SKSDKWIDIHNPATNEVVGRVPQSTKAEMDAAVESCKRAFPAWADTSILS 100
IOLA_BACSU 68 RARILFNFQQLLSQHKEELAHLITIENGKNTKEALGEVGRGIENVEFAAG 117
|.::|..:|||:.::.:|:|.|||:|.||...:|.|:|.||::.||.|..
MMSA_MOUSE 101 RQQVLLRYQQLIKENLKEIARLITLEQGKTLADAEGDVFRGLQVVEHACS 150
IOLA_BACSU 118 APSLMMGDSLASIATDVEAANYRYPIGVVGGIAPFNFPMMVPCWMFPMAI 167
..|||:|:::.||..|::..:||.|:||..||||||||.|:|.||||||:
MMSA_MOUSE 151 VTSLMLGETMPSITKDMDLYSYRLPLGVCAGIAPFNFPAMIPLWMFPMAM 200
IOLA_BACSU 168 ALGNTFILKPSERTPLLTEKLVELFEKAGLPKGVFNVVYGAHDVVNGILE 217
..||||::|||||.|..|..|.:|.:.:|.|.|..|:::|.||.||.|.:
MMSA_MOUSE 201 VCGNTFLMKPSERVPGATMLLAKLLQDSGAPDGTLNIIHGQHDAVNFICD 250
IOLA_BACSU 218 HPEIKAISFVGSKPVGEYVYKKGSENLKRVQSLTGAKNHTIVLNDANLED 267
||:|||||||||...|||::::||.|.||||:..|||||.:|:.|||.|:
MMSA_MOUSE 251 HPDIKAISFVGSNQAGEYIFERGSRNGKRVQANMGAKNHGVVMPDANKEN 300
IOLA_BACSU 268 TVTNIVGAAFGSAGERCMACAVVTVEEGIADEFMAKLQEKVADIKIGNGL 317
|:..:||||||:||:||||.: ..:..|.|.:::.:|.::..::::..|.
MMSA_MOUSE 301 TLNQLVGAAFGAAGQRCMALS-TAILVGEAKKWLPELVDRAKNLRVNAGD 349
IOLA_BACSU 318 DDGVFLGPVIREDNKKRTLSYIEKGLEEGARLVCDGRE---NVSDDGYFV 364
..|..|||:|....|:|..:.|:.|.:|||.::.|||. ...::|.||
MMSA_MOUSE 350 QPGADLGPLITPQAKERVCNLIDSGTKEGASILLDGRRIKVKGYENGNFV 399
IOLA_BACSU 365 GPTIFDNVTTEMTIWKDEIFAPVLSVIRVKNLKEAIEIANKSEFANGACL 414
||||..||...||.:|:|||.|||.|:..:.|.|||:|.|.:.:.||..:
MMSA_MOUSE 400 GPTIISNVKPSMTCYKEEIFGPVLVVLETETLDEAIKIVNDNPYGNGTAI 449
IOLA_BACSU 415 FTSNSNAIRYFRENIDAGMLGINLGVPAPMAFFPFSGWKSSFFGTLHANG 464
||:|....|.:...:|.|.:|:|:.:|.|:..|.|:|.:|||.|..:..|
MMSA_MOUSE 450 FTTNGATARKYAHMVDVGQVGVNVPIPVPLPMFSFTGSRSSFRGDTNFYG 499
IOLA_BACSU 465 KDSVDFYTRKKVVTARYPAPDFN------------- 487
|..:.|||:.|.:|:::...|..
MMSA_MOUSE 500 KQGIQFYTQLKTITSQWKEEDATLSSPAVVMPTMGR 535
С помощью команд needle protein.fasta:IOLA_BACSU protein.fasta:IOLA2_BACAH all.stretcher и
water protein.fasta:IOLA_BACSU protein.fasta:IOLA2_BACAH piece.stretcher
я получила
полное и
частичное выравнивание. В
частичное выравнивание вошли участки 7-481 и 9-485.
Локальное выравнивание с
"ограничением" глобального на этом участке совпадают.
© Julia Chudakova