Множественное выравнивание.
1.Выравнивание набора гомологов белка IOLA_BACSU.
a.Получение гомологов белка, используя BLAST на NCBI
Требования к выравниваниям:
1. E-value сходства по данным выравниваниям — не более одной тысячной (тем самым эти белки являются достоверными гомологами)
2. Выравнивания имеют процент идентичности не более 90 (то есть белки не слишком близки к вашему)
3. Кроме того, желательно, чтобы найденные последовательности были не слишком близки и друг к другу тоже.
Гомологов мы ищем с помощью BLAST, в банке Swiss-Prot, в
пределах таксона Bacteria и порогом для E-value 0.001.
У моего гомолога оказалось много гомологов, поэтому я просмотрела все выравнивания и выбрала
те, в которых коэффицент индентичности от 40% до 80%.
У меня получилось четыре белков:
IOLA_LACCA 70
IOLA1_GEOKA 59
IOLA1_OCEIH 57
MMSA_MOUSE 44
Я записала их имена в файл myproteins.list
С помощью программы Putty я связалась с сервером http://kodomo.fbb.msu.ru/ и с помощью
команды seqret @myproteins.list myproteins.fasta получила файл myproteins.fasta.
b. Построение множественного выравнивания.
C помощью программы Jalview я открыла файл myproteins.fasta. И
выравнила последовательности белков( WebService/Alignment/Tcoffee).
И получила следующее выравнивание.
c. Описание структуры выравнивания.
Я искала участки с повышенной долей консервативных позиций,
руководствуясь ориентирами из личного опыта ААл. Для
удобства поисков я настраивала conservation colour increment до
60 %.
Участки с повышенной долей консервативных позиций.
| По столбцам выравнивания |
По остаткам моего белка |
| 61-64 |
28-35 |
| 140-148 |
107-115 |
| 173-215 |
140-182 |
| 251-262 |
218-229 |
| 278-295 |
245-262 |
| 310-319 |
277-286 |
| 372-386 |
339-353 |
| 483-487 |
447-451 |
Если считать, что выравнивание не достоверно в участках с
большим числом гэпов, то в моем белке 2 таких участка.
| По столбцам выравнивания |
По остаткам моего белка |
| 2-36 |
2-3 |
| 518-535 |
482-486 |
в. Группы сходных аминокислот, образующие в выравнивании
функционально консервативные позиции.
Для удобства я настраила conservation colour increment до
60 % и получила следующее раскрашивание выравнивания:
Чаще всего в выравнивание встречается глицин( 27 раз).Еще чаще
других встречаются группы NG, SF, VG.
2. Получение выравнивания вирусных белков,
называемых "малыми дельта-антигенами", посредством
программы muscle.
С помощью SRS, я нашла 17 малых дельта-антигенов в банке Swiss
-Prot.Для этого сделала запрос: (([swissprot-Description:delta*]
& [swissprot-Description:small*]) &
[swissprot-Taxonomy:Deltavirus*]). За тем я сохранила
последовательности этих белков в fasta формате в файле delta.fasta.
Далее я с помощью праграммы Putty связалась сервером kodomo.fbb.msu.ru.,
выполнила команду
muscle -in delta.fasta -out
delta_aligned.fasta
и получила с помощью программы muscle
выравнивание последовательностей
из файла delta.fasta .
С помощью программы Jalview открыла выравнивание и раскрасила.
Из выравнивания видно, что белки гомологичны.
выравнивание в Jalview
© Julia Chudakova