PSI-BLAST.

1.Итерактивный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для четырёх аминокислотных последовательностей P18196, P0A832, P17265, P42412.

ID белка	AC белка	Число итераций	Для первой итерации			Для последней итерации
ID белка	AC белка	Число итераций	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога	Число находок выше порога (0,005)	Худшее E-value выше порога	Лучшее E-value ниже порога
MINC_ECOLI	P18196	5	165	0.004	0.005	995	7e-04	0.023
SSRP_ECOLI	P0A832;	2	514	3e-12	4.9	514	3e-38	0.42
Y380_RHIME	P17265	4	15	7e-04	0.027	25	3e-18	0.024
IOLA_BACSU	P42412	5	550	0.004	0.007	1072	6e-13	0.060

В случае последовательности P18196 и P42412 e-value почти не изменился, можно предположить, что в них есть не спецефичные участки, встречающиеся в большом количестве последовательностей.
А в P0A832 разрыв велик, видимо эта последовательность специфична.

2.Итерактивный поиск программой PSI-BLAST по банку Swiss-Prot для P18196 с ограничение на e-value 0.001.

При e-value 0.001 для стабилизации поиска последовательности P18196 хватило двух итераций. Это связано с тем, что при уменьшении порога e-value, требования к найденым последовательностям строже и находок меньше.