Белок IOLA_BACSU в Uniprot

	Метка поля	Содержание
Код(ы) доступа ("Accession number")	AC	P42412
Идентификатор записи в БД	ID	IOLA_BACSU
Название (краткое описание) белка	DE	RecName (рекомендуемое имя): Full=Methylmalonate semialdehyde dehydrogenase [acylating] Short=MMSA dehydrogenase Short=MMSDH Short=MSDH AltName (альтернативное имя): Full=Malonate semialdehyde dehydrogenase [acetylating] Short=MSA dehydrogenase
Дата создания документа	DT	01-NOV-1995
Дата последнего исправления аннотации	DT	25-JAN-2012
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	6
Журнал и год самой поздней публикации	RL	J. Biol. Chem. 283:10415-10424(2008)
Ключевые слова	KW	3D-structure; Complete proteome; NAD; Oxidoreductase; Reference proteome.
Что содержит поле комментариев?	CC	Информацию о функции белка, о каталитической активности белка, о биологических, химических и физических свойствах белка, о пути обмена белка, о субьединицах и о сходствах.
Идентификаторы записей PDB	RX	PubMed=7584049;

Ответы на вопросы о моем белке.

№7. В моем белке изучены следующие мутации:

изначальный аминокислотный остаток	аминокислотный остаток после мутации	влияние мутации на структуру и функции белка
Cys36 (цистеин)	Ala36 (аланин)	No effect at either the structural or enzymatic levels; when associated with A-160; A-287; A-351 and A-413.
Cys160 (цистеин)	Ala160 (аланин)	No effect at either the structural or enzymatic levels; when associated with A-36; A-287; A-351 and A-413.
Cys287 (цистеин)	Ala287 (аланин)	No effect at either the structural or enzymatic levels; when associated with A-36; A-160; A-351 and A-413.
Cys351 (цистеин)	Ala351 (аланин)	No effect at either the structural or enzymatic levels; when associated with A-36; A-160; A-287 and A-413.
Cys413 (цистеин)	Ala413 (аланин)	No effect at either the structural or enzymatic levels; when associated with A-36; A-160; A-287; A-351.

№10. Функции белка IOLA_Bacsu заключается в превращении CoA в ацетил-СоA и в пропанол-CoA.Эти процессы можно записать, как
3-oxopropanoate + CoA + NAD(P)(+) = acetyl-CoA + CO(2) + NAD(P)H и
2-methyl-3-oxopropanoate + CoA + H(2)O + NAD(+) = propanoyl-CoA + HCO(3)(-) + NADH.
Этим функциям белка IOLA_Bacsu посвящена статья
Yoshida,K., Yamaguchi,M., Morinaga,T., Kinehara,M., Ikeuchi,M., Ashida,H., Fujita,Y., Myo-inositol catabolism in Bacillus subtilis. (2008) J. Biol. Chem. 283:10415-10424

№16. Последовательности большинства белков начинаются с метионина из-за того ,что синтез белка начинается c AUG триплета, кодирующего метионин. В начальной позиции белка IOLA_Bacsu метионин указан. Информация о последующем удалении метионина отсутствует.

№14.Вторая альфа спираль белка имеет следующую аминокислотную последовательность:
VPRRARILFNFQQLLS.
Эта последовательность была получена с помощью команды:
seqret sw:iola_bascu helix.fasta -sbedin 65 -send 80

№15.Третий бетта тяж белка имеет следующую аминокислотную последовательность:
EWV
Эта последовательность была получена с помощью команды:
seqret sw:iola_bascu strand.fasta -sbedin 14 -send 16

Поиск "похожих" белков.

Команда/Запрос	Число записей в SwissProt	Число записей в TrEMBL
infoseq sw:iola_* -only -desription -noheading\|wc -l	18
dehydrogenase	20,961	609,462
semialdehyde dehydrogenase [acylating]	53	2,216

Сравнение белков

IOLA_LACCA

	Метка поля	IOLA_BASCSU	IOLA_LACCA
Первый код доступа	AC	P42412	A5YBJ3
Идентификатор записи в БД	ID	IOLA_BACSU
Название (краткое описание) белка	DE	RecName (рекомендуемое имя): Full=Methylmalonate semialdehyde dehydrogenase [acylating] Short=MMSA dehydrogenase Short=MMSDH Short=MSDH AltName (альтернативное имя): Full=Malonate semialdehyde dehydrogenase [acetylating] Short=MSA dehydrogenase	RecName: Full=Methylmalonate semialdehyde dehydrogenase [acylating]; Short=MMSA dehydrogenase; Short=MMSDH; Short=MSDH; EC=1.2.1.27; AltName: Full=Malonate semialdehyde dehydrogenase [acetylating]; Short=MSA dehydrogenase; EC=1.2.1.18;
Дата создания документа	DT	01-NOV-1995	14-OCT-2008
Дата последнего исправления аннотации	DT	25-JAN-2012	14-DEC-2011
Название организма	OS	Bacillus subtilis	Lactobacillus casei
Классификация организма (список таксонов)	OC	Bacteria; Firmicutes; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus.	Bacteria; Firmicutes; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus.
Длина последовательности	ID	487	492
Молекулярная масса белка	SQ	53453 MW	53716 MW
Число публикаций, использованных при создании документа	RN	6	1
Журнал и год самой поздней публикации	RL	J. Biol. Chem. 283:10415-10424(2008)	Appl. Environ. Microbiol. 73:3850-3858(2007)
Описание вторичной структуры	FT	STRAND 9 11 STRAND 14 16 STRAND 23 27 TURN 29 31 STRAND 34 39 HELIX 43 60 HELIX 65 80 HELIX 83 94 HELIX 98 115 HELIX 118 122 STRAND 124 131 STRAND 134 142 STRAND 144 149 HELIX 157 168 STRAND 172 176 STRAND 179 181 HELIX 183 194 STRAND 201 204 HELIX 209 217 STRAND 221 228 HELIX 230 242 STRAND 246 250 STRAND 255 259 HELIX 265 277 HELIX 278 281 STRAND 287 293 HELIX 294 308 HELIX 329 344 STRAND 348 351 STRAND 353 356 STRAND 359 362 STRAND 367 371 HELIX 377 380 STRAND 385 395 HELIX 396 405 STRAND 406 415 HELIX 419 428 STRAND 432 437 STRAND 456 460 HELIX 464 470 STRAND 472 480	информация отсутствует
Ключевые слова	KW	3D-structure; Complete proteome; NAD; Oxidoreductase; Reference proteome.	NAD; Oxidoreductase.
Темы, освещённые в комментариях	CC	FUNCTION CATALYTIC ACTIVITY BIOPHYSICOCHEMICAL PROPERTIES PATHWAY SUBUNIT SIMILARITY	FUNCTION CATALYTIC ACTIVITY PATHWAY SUBUNIT SIMILARITY
Особенности последовательности	SQ	487 AA; 53453 MW; 412B63B05869229F CRC64;	492 AA; 53716 MW; 276BA314BDA26D8F CRC64;
Идентификаторы записей PDB	RX	MEDLINE=96093926; PubMed=7584049; DOI=10.1093/dnares/2.2.61;	PubMed=17449687; DOI=10.1128/AEM.00243-07;