Парное выравнивания.

1.Вес выравнивания фрагментов последовательности двух родственных белков.

Вес выравнивания -7.

2.Создание программой stretcher оптимального выравнивание тех же последовательностей.

С помощью комады stretcher seq1.fasta seq2.fasta alignment.stretcher -auto я создала идеальное выравнивание. Оно не совпало с моим( что было предсказуемо, так как у моего выравнивания отрицательный вес). У полученного выравнивания вес 18.

3.Полное и частичное выравнивания последовательностей белка Iola_Bacsu и родственного белка.

С помощью команд needle protein.fasta:IOLA_BACSU protein.fasta:IOLA2_BACAH all.stretcher и
water protein.fasta:IOLA_BACSU protein.fasta:IOLA2_BACAH piece.stretcher
я получила полное и частичное выравнивание.
В частичное выравнивание вошли участки 7-481 и 9-485.
Локальное выравнивание с "ограничением" глобального на этом участке совпадают.
Частичное выравнивание (вес 1738.5) тяжелее полного (вес 1735).
Вес полного выравнивания чуть меньше, чем вес частичного. Это предсказуемо потому, что в полном выравнивании появляются дополнительные гэпы, необходимые, чтобы выровнить участки, вошедшие в частичное выравнивание. В лучшем случае вес полного выравнивания совпадёт с частичным (если совпадут сами выравнивания).