Описания программ.

0.Ход работы.

Задание 3. С помощью команды
infoseq sw:iola_bacsu > iola_bacsu.info
я получила файл iola_bacsu.info
, содержащий информацию об белке IOLA_BACSU. Задание 4. С помощью команды
infoseq -help 2> help.info
я получила файл help.info
, содержащий информацию об команде infoseq.
Задание 5. С помощью команды
infoseq sw:"IOLA_BAC*" > iola.info я получила файл iola.info
, содержащий информацию о белках IOLA из рода Bacillus.

1.Bash

В программе, с которой можно работать из командной строки, есть хотя бы три потока: stdin, stdout и stderr. Нулевой поток stdin- это стандартный поток ввода, он содержит данные, набранные с клавиатуры. Первый поток stdout- это стандартный поток вывода, он содержит данные, выводимые программой. Второй поток stderr- это стандартный поток ошибок, он содержит данные об ошибках. Первый и второй поток можно перенаправить в стандартный поток ввода другой программы или в файл.
"команда" > "имя файла"- перенаправления stdout в файл, при этом, если файла с таким именем не существует, то он создается, иначе- пересоздается. Например:
pwd > cat.txt выведет полный путь от корневой директории к текущей директории в файл cat.txt.
"команда" >> "имя файла"- перенаправления stdout в файл, при этом, если файла с таким именем не существует, то он создается, иначе- данные дописываются к тексу в файле. Например:
pwd >> cat.txt допишет полный путь от корневой директории к текущей директории к тексту в файле cat.txt.
"команда" 2> "имя файла"- перенаправления stderr в файл, при этом, если файла с таким именем не существует, то он создается, иначе- пересоздается. Например:
pwd 2> cat.txt
Спецсимволы:
"*"- интерпретируется программой, как произвольный набор символов( может обозначать "ничего". *cat- слово, оканчивающееся на cat.
"?"- интерпретируется программой, как произвольный символ. ?ошка- слово из пяти букв, оканчивающееся на ошка.
"[множество]"-интерпретируется программой, как произвольный символ из множества. [0-9]кошка- слово из шести букв, начинающееся с цифры.
Текст в одинарных кавычках интерпретируется буквально, в двойных "&" и "\" сохраняют свое значение, а все остальные символы интерпретируются буквально.
Обратные кавычки подстановка вывода другой команды.


Некоторые команды

pwd	сообщает полное имя текущей директории
ls	показывает содержимое текущей директории
cp <имя файла 1> <имя файла 2>	копирует файл 1 в файл 2
mv <имя файла 1> <имя файла 2>	переименовывает файл
mv <имя файла> <имя поддиректории>	перемещает файл в поддиректорию
rm <имя файла>	уничтожает файл
mkdir <имя поддиректории>	создает поддиректорию
rmdir <имя поддиректории>	удаляет пустую поддиректорию
cd <имя поддиректории>	переход в поддиректорию
cd ..	выход из поддиректории (переход в родительскую директорию)
more <имя файла>	просмотр содержимого файла (клавишами "пробел" и "Enter")
man <команда>	выдает подробную информацию о команде

2.EMBOSS

параметр	применение	пример комады
-outfile	указывает имя файла, куда выводится информация	sw:iola_bacsu -outfile filename
-html	форматирование получаемой таблицы в html таблицу	infoseq sw:"IOLA_BAC*" -html >> iola.info
-delimiter	назначение разделителя информации в файле вывода, символ можетбыть любой,например пробел или табуляция	infoseq sw:"IOLA_BAC*" -nocolumns -delimiter ":)" >> iola.info
-only	способ уменьшить обьем вывода, если вы хотите вывести не всю информацию	inforseq -only -length sw:IOLA_BAC*" >> iola.info
-heading	вывести колонку heading (заголовки)	infoseq sw:"IOLA_BAC*" -heading >> iola.info
-length	вывести колонку length (длина) .Используется только с -only	inforseq -only -length sw:IOLA_BAC*" >> iola.info
-usa	вывести колонку usa .Используется только с -only	inforseq -only -usa sw:IOLA_BAC*" >> iola.info
-datebase	вывести колонку datebase (база данных) .Используется только с -only	inforseq -only -datebase sw:IOLA_BAC*">> iola.info
-name	вывести колонку name (название) .Используется только с -only	infoseq - only -name sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-accession	вывести колонку accession (увеличение) .Используется только с -only	infoseq -only -accession sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-type	вывести колонку type (тип) .Используется только с -only	infoseq -only -type sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-organism	вывести колонку organism (организм) .Используется только с -only	infoseq -only -organism sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-description	вывести колонку description (описание) .Используется только с -only	infoseq -only -description sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-gi	вывести колонку gi	infoseq -gi sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-seqversion	вывести колонку version	infoseq -seqversion sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-pgc	вывести колонку percent GC content.Только с -only	infoseq -only -pgs sw:"IOLA_BAC*" >> iola.info
-help	выводит описания опций команды	infoseq sw:"IOLA_BAC*" -help >> iola.info

выводы примеров команд находяться в файле iola.info .

Дополнительные задания.

Задание 8.
Место расположения искомого файла мы ищем с помощью команды
find ~ -name '*bash_history*'
Это: /home/students/y11/julia.chudakova/.bash_history.
Этот файл "не виден" команде ls, из-за того что он начинается с".". Команда ls -a видит этот файл. Судя по информации содержащейся в нем BASH при завершение работы пользователя дописывает в него все выполненные за сиенс команды.
Cодержимое файла находится тут.
Задание9.
Воспользуемся командой find ~ -name '* *'
В моей домашней дериктории нашлось 4 таких файла:
/home/students/y11/julia.chudakova/New Folder
/home/students/y11/julia.chudakova/Application Data
/home/students/y11/julia.chudakova/Term1/Sample Pictures.lnk
/home/students/y11/julia.chudakova/public_html/projects/Xanthobacter_autotrophicus_Py2/Xanthobacter autotrophicus Py2.gif
/home/students/y11/julia.chudakova/video/Sample Pictures.lnk
© Julia Chudakova