Паттерны и профили.

1.Создание паттернов аминокислотных последовательностей.

Фрагмент множественного выравнивания гомологов белка IOLA_BACSU

Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из вашего выравнивания найдены? (если нет, то сколько)
Фрагмент последовательности KNYNGEWVES 6; входит только IOLA_BACSU;
Сильный [KQ]-[NL]-[YF]-I-[NGD]-G-[EKQ]-[WF]-V-[EDA]-[SA]; 32; все;
Слабый [KQ]-[NL]-[YFW]-[IL]-[NGD]-G-[EKQ]-[WFY]-V-[EDA]-[SA] 33; все;
Первый паттерн является фрагментом последовательности белка IOLA_BACSU, PROSITE нашел еще пять белков с этим паттерном, они близкие гомологи белку IOLA_BACSU. . Второй (сильный) паттерн составлен так, чтобы он описывал все белки из выравнивания, но в данном случае так не получилось из-за большого количества близких гомологов. Для этого включим в него все позиции выбранного фрагмента выравнивания, а в каждой позиции разрешим все буквы, встретившиеся в этой позиции. Третий (слабый) паттерн является ослабленным предыдущем выравниванием, по нему должны находится близкие белки к тем что участвуют в выравнивание, но мне это неочень удалось.

2.Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке IOLA_BACSU
tbody>
Идентификатор документа Prosite (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00070 ALDEHYDE_DEHYDR_CYS Aldehyde dehydrogenases cysteine active site паттерн [FYLVA]-x-{GVEP}-{DILV}-G-[QE]-{LPYG}-C-[LIVMGSTANC]-[AGCN]-{HE}-[GSTADNEKR] неспецифична 1
© Julia Chudakova