1. Опредление вторичной структуры с помощью Stride

Структура: 1VHE.pdb

Выдача Stride: stride.txt

В случае спиралей, точно определить границы удалось лишь для одной спирали (Asp301-His306). Некоторые спирали не предсказаны вообще. Границы часто отличаются на 1 остаток. Тип спирали (3₁₀ или α) во всех случаях верно предсказан.

Рис. 1 Информация о спиралях в pdb-файле (слева) и выдаче Stride (справа).

Границы β-тяжей предсказаны значительно точнее, с редкими ошибками. Два тяжа их двух остатков не предсказаны (Thr168-Val169, Mse269-Val270).

Рис. 2 Информация о β-тяжах в pdb-файле (слева) и выдаче Stride (справа).

Предсказаны также мостики, образованные пятью остатками: 73, 76, 90, 159, 168.

2. Построение карты одного из β-листов с помощью SheeP

Алгоритм предсказал 3 β-листа, в записи PDB указано четыре: два из этих четырех листов отличаются одиним тяжом, а один из двух вариантов этого тяжа алгоритмом не предсказан.

На карте бета-листа строки соответствуют тяжам, отдельные клетки - аминокислотным остаткам. Спаренные остатки расположены в одной колонке. Жирные границы клеток означают границы тяжей (вертикальные) или отсутствие спаривания между остатками (горизонтальные). Спаривание между тяжами, расположенными не в соседних рядах, обозначается клетками, в которых прописан только номер остатка. В случае нерегулярностей, один остаток выглядит как "вставка", в остальных тяжах получается "гэп". Желтым и красным цветом показаны остатки, боковые цепи которых расположены с разных сторон листа. На изображении ниже приведена карта одного листа и изображение его в структуре.

Рис. 3 Карта листа (слева) и его изображение в структуре (справа; выделен желтым цветом).

Ниже представлено изображение хребта, соответствующего первому столбцу на карте (Gly56-Asn204-Pro61).

Рис. 4 Изображение хребта, соответствующего первому столбцу на карте листа: его остовные С-атомы показаны в виде шаров.

По рисунку и распределению гидрофильных и гидрофобных остатоков на карте оказалось трудно сразу определить, какие остатки листа обращены внутрь гидрофобного ядра, а какие - наружу. К тому же, белок образует комплекс из 12 субъединиц. Посмотрев на расположение активного центра, я пришла к выводу, что "желтой" стороной лист обращен к гидрофобному ядру, а "розовой"(выделена красным цветом на рисунке ниже) - к гидрофильной поре с активным центром.

Рис. 5 Изображение рассматриваемого листа. Серым цветом выделены боковые цепи остатков рассматриваемого листа, обращенные к гидрофобному ядру белка, красным - обращенные к гидрофильной стороне.