1. Поиск гидрофобных кластеров в структуре белка

Для работы выбрана структура 1VHE. При запуске Clud с порогом на расстояние 5 Å и порогом на число атомов 5, предсказалось слишком много маленьких кластеров, лишь 4 из них оказались размером больше 10. И при этом предсказался один слишком большой кластер, явно не несущий смысла.
Так что далее я уменьшила первый параметр до 4 Å, а второй увеличила до 10. В результате получилось 4 кластера, размером 25 атомов, 14 атомов и два по 10 атомов. Их изображения представлены ниже.

Рис. 1 Найденные Clud гидрофобные кластеры в структуре 1VHE (слева направо: 25, 14, 10, 10 атомов).

Полученный результат считаю вполне осмысленным. Два больших кластера располагаются в большом домене (желтый и синий на рис.1), а два маленьких - в малом домене (розовый и коричневый).

2. Поиск гидрофобных кластеров на интерфейсе двух цепочек

Для этого задания выбрана структура 4RID, состоящая из двух цепей. При тех же порогах (4 Å и 10 атомов) ничего не найдено. При уменьшении порога на число атомов до 3 появились результаты, но не вполне удовлетворительные: 3 маленьких кластера. Тогда я решила увеличить порог на расстояние до 5 Å, и порог на число атомов увеличить до 5. Ниже представлены полученные результаты.

Рис. 2 Найденные Clud гидрофобные кластеры на границе цепей структуры 4RID (слева направо: 10, 8, 5 атомов).

Кажется, данный результат несет хороший биологический смысл, несмотря на небольшой размер кластеров. Найденные кластеры находятся как раз там, где цепи наиболее близки: на краях области взаимодействия и посередине. Эти взаимодействия - основа для образования димера.