Работа проводилась с биологической единицей структуры 1JFS (комплекс димера пуринового репрессора с ДНК), состоящей из ДНК и димера белка.

Рис. 1 Поверхность контакта мономера белка с симметричным мономером на фоне остовной модели мономера.

Рис. 2 Поверхность контакта димера с двойной спиралью ДНК на фоне остовной модели части белка, вовлечённой в контакт.

Рис. 3 Поверхность контакта ДНК с димером белков на фоне проволочной модели двойной спирали. Окраска ДНК по атомам.

С помощью Clud с параметрами 5 Å и 10 атомов, найдено 3 гидрофобных кластера: один кластер из 44 атомов, и два - из 19. Для работы пришлось создать новый pdb-файл. Ниже предсавлено изображение кластеров.

Рис. 4 Найденные Clud гидрофобные кластеры: 44 атома (оранжевый) и два по 19 атомов (синий и розовый).

Далее построено изображение поверхности, аналогично рис. 1, но перед этим создано множетсво атомов, входящих в один из кластеров (синий кластер на рис. 4) и покарашено розовым цветом. Как следствие, участок поверхности, содержащий эти атомы, также оказался розовым. Изображение представлено ниже.

Рис. 5 Поверхность контакта между мономерами белка. Поверхность, относящаяся к атомам, входящим в один из гидрфобных кластеров, выделена розовым.