1. Выбор структуры для работы
Для работы выбрана структура белка YSDC_BACSU, pdb-код 1VHE. Сервис EDS знает этот код. Кроме того, имеются подходящие структурные гомологи белка, что было проверено с помощью PDBeFold. Ниже представлены найденные разные белки с RMSD от 0.8 до 2.5 ангстрем и N_align от 50% числа а.о. входного белка до 90%.
Таблица 1. Отобранные структурные гомологи белка YSDC_BACSU.
| Название | PDB code | RMSD | N_align |
| CRYSTAL STRUCTURE OF THE TETRAHEDRAL AMINOPEPTIDASE FROM P. HORIKOSHII | 1y0r:A | 1.01 | 326 |
| CRYSTAL STRUCTURE OF PEPA FROM STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE | 3kl9:C | 1.29 | 333 |
| CRYSTAL STRUCTURE OF FRV OPERON PROTEIN FRVX (PH1821)FROM PYROCOCCUS HORIKOSHII OT3 | 2pe3:D | 1.39 | 323 |
| CRYSTAL STRUCTURE OF AN ARCHAEAL AMINOPEPTIDASE | 1xfo:D | 1.04 | 329 |
2. Скачать модель и файл структурных факторов из PDB. Есть ли соответствие между структурными факторами и атомами модели?
Модель: 1VHE.pdb
Файл структурных факторов: 1vhe-sf.cif
Никакого прямого соответствия между атомами/электронами модели и структурными факторами нет.
3. Построить изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи и трех-пяти аминокислотных остатков, различных по типу.
Для визуализации электронной плотности скачан файл с картой электронной плотности: 1vhe.omap.
Ниже представлены изображения электронной плотности вокруг полипептидной цепи и трех остатков, лизина-12, аспартата-13 и лейцина-14, при трех разных уровнях подрезки. 2 области полипептидной цепи никак не укладывались в изображение плотности, и все атомы вписались только при уровне подрезки 0,5. Параметр carve=1.5
Рис.1 Изображение электронной плотности вокруг остова. Уровень подрезки=0,5.
Рис.2 Участок структуры, не вписавшийся при уровне подрезки 1.
Рис.3 Участок структуры, не вписавшийся при уровне подрезки 1,5.
Рис.4 Боковые остатки, уровень 2.
Рис.5 Боковые остатки, уровень 3.
Рис.6 Боковые остатки, уровень 4.
Если на первом уровне есть изображение электронной плотности для всех атомов, то на четвертом уровне оно видно практически только для азота и кислорода, что хорошо объясняется большим количеством электронов у этих атомов. Мною не было замечено значительного числа отклонений модели от карты плотности, что говорит о хорошем качестве модели.