Работа с Pymol

1. 1LMP

2. Sculpting

Molecular sculpting works like a real-time energy minimizer, except that it isn't minimizing the energy. Instead, its just trying to return local atomic geometries (bonds, angles, chirality, planarity) to the configuration the molecules possess when they were first loaded into PyMOL.(PymolWiki)
CTRL+left=изменение длины связи между 2 атомами, CTRL+right=вращение молекулы вокруг определенной связи.

3.Зона контакта лиганда с белком:

Средствами Tcl/Tk интерфейса (Wizard->Mutagenesis) проведем мутацию в белке,которая приведет к потере связывания с лигандом. Заменим аспарагин и аспарагиновую кислоту на алифатическую неполярную,незаряженную аминокислоту - валин(синие остатки):

4.Присоединение флуоресцентной метки TAMRA к белку через сложноэфирную связь с помощью команд fuse и torsion:

5.Построение полиаланиновой альфа-спирали длиной 100 АК.

Скрипт

Другие работы