Поисковые системы MRS,SRS,UniProt

  1. Поиск белка ESTA_BACSU в банке SwissProt,пользуясь системами:
    1. MRS
    2. SRS
    3. UniProt

    Все три поисковые системы выдают достаточно подробную информацию о моем белке SwissProt ID:ESTA_BACSU SwissProt AC:P37957.
    Поле References наиболее подробно представлено в SRS. Данные системы имеют в большинстве одинаковые поля.
    Большее различие можно наблюдать в поле Features.
    В MRS в данном поле отсутсвует цветная шкала с ссылками на определенные участки последовательности,описывающая структуру белка, в отличие от SRS и UniProt,где она присутсвует. Sequence annotation в UniProt более структурирована и понятна.
  2. Values in SwissProt(поле "Taxonomy" банка SwissProt)
    1)Названия каких таксонов начинаются на "gam"?
    Ответ: gambusia 1
    gammacoronavirus 70
    gammaherpesvirinae 284
    gammalipothrixvirus 40
    gammapapillomavirus 30
    gammaproteobacteria 120605
    gammaretrovirus 126
    gammaridea 1
    2)Каков английский эквивалент таксона "гамма-протеобактерии"?
    Ответ:gammaproteobacteria
    3)Сколько в банке SwissProt записей, описывающих белки из гамма-протеобактерий?
    Ответ:120605
  3. Запросы
    Формулировка функции белка Строка запроса Количество найденных документов
    taxonomy-gammaproteobacteria
    all text-p-nitrophenyl     		([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] &
    [swissprot-AllText:p-nitrophenyl*])     		25 entries
    taxonomy-gammaproteobacteria
    all text-C8 acyl     		([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & (([swissprot-AllText:C8*] & [swissprot-AllText:acyl*])
    | [swissprot-AllText:C8 acyl*]))     		24 entries
    taxonomy-gammaproteobacteria
    all text-AB hydrolase superfamily     		([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-AllText:AB*] & [swissprot-AllText:hydrolase*]) & [swissprot-AllText:superfamily*]) |
    [swissprot-AllText:AB hydrolase superfamily*]))     		1518 entries
    taxonomy-gammaproteobacteria
    all text-addition of calcium     		([swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*] & ((([swissprot-AllText:addition*] & [swissprot-AllText:of*]) & [swissprot-AllText:calcium*]) |
    [swissprot-AllText:addition of calcium*]))     		7 entries

     
  4. Найденные последовательности в fasta-формате по первому запросу:
    sequences
  5. Дополнительные задания:

    Банк MEDLINE
    1)Статьи последних двух-трех лет,в аннотациях которых упоминается белок estA:
    ([medline-AllText:estA*] & [medline-Year#2007:2007])-33340 entries
    ([medline-AllText:estA*] & [medline-Year#2008:2008])-34861 entries
    ([medline-AllText:estA*] & [medline-Year#2009:2009])-37851 entries
    ([medline-AllText:estA*] & [medline-Year#2007:2010])-110770 entries

    2)([medline-Authors:Neifakh,A.A.*] & [medline-Year#1970:1979])
    В MEDLINE 9 научных статей,опубликованных в 1970-е годы,среди авторов которых имеется А.А.Нейфах.
    Круг его интересов:миграция РНК,синтез рибосомальных белков

Главная страница
Страница второго семестра

© Naraykina Yulya,2009