Множественное выравнивание

Задание 1

Задача - получить выравнивание вирусных белков, называемых "малыми дельта-антигенами", посредством программы muscle и посмотреть на него в GeneDoc. Получили последовательности малых дельта-антигенов из банка Swiss-Prot.
Невыровненные последовательности в GeneDoc имеют общие аминокислотные остатки(выделены черным цветом), общие аминокислотные остатки только у нескольких последовательностей(темно-серая окраска),схожие участки аминокислотных остатков нескольких последовательностей(светло-серая окраска). На первый взгляд можно предположить, что белки скорее всего гомологичны(при этом не очень понятно,где могут быть пробелы в нескольких последовательностях(например, в позициях 65-69 последовательности sp|Q81842| или 100-102 последовательности sp|Q91DH7|)). После выравнивания появилось больше одинаковых участков, согласно которым мы можем судить о гомологичности белков.
Выровненные последовательности вирусных белков-"малых дельта-антигенов"

Задание 2

Необходимо было построить выравнивание своего белка и всех найденных гомологов посредством BLAST.
Условия отбора гомологов:
1)E-value сходства по данным выравниваниям - не более одной тысячной (тем самым эти белки являются достоверными гомологами);
2)Выравнивания имеют процент идентичности не более 90 (то есть белки не слишком близки к моему).
К сожалению, проведя поиск в необходимом банке Swiss-Prot, я обнаружила только 4 белка,отвечающих данным условиям,при этом один из них относится к B.subtilis.

В данном выравнивании присутствуют участки с повышенной долей консервативности:50-57(для моего белка 36-43),121-125(для белка 101-105).Также присутствуют участки,где выравнивание не имеет биологического смысла:253-274,342-358.
Исходя из полученного выравнивания, сложно определить, являются ли данные белки гомологами(это может быть связано с отсутствием подходящих вариантов в Swiss-Prot).

Главная страница
Страница второго семестра