Эволюционные домены. БД Pfam, InterPro.

Задание 1

Доменная структура белка ESTA_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№ Pfam AC Pfam ID Полное название семейства доменов Положение в последовательности белка ESTA_BACSU Клан
1. PF01674 Lipase_2 Семейство включает гипотетические белки C. elegans и липазы.
Липазы или триацилглицерин ацилгидролазы гидролизуют эфирные связи в триацилглицерине с образованием диацилглицерина,глицерина и свободных жирных кислот.Эти ферменты катализируют следующую реакцию: Triacylglycerol + H2O = diacylglycerol + a fatty acid anion 		34–141 Клан AB_hydrolase (CL0028) (CL0036), содержит 58 семейств

Задание 2

Представленность домена PF01674 в организмах разных видов

Белки с доменом PF01674 заданного белка ESTA_BACSU встречаются в 65 видах организмов.

Данные в таблице из зеленого прямоугольника.
Таксон
Количество белков с доменом PF01674.
Эукариоты Зеленые растения 1
Грибы 8
Животные 45
Остальные эукариоты 4
Бактерии 146
Археи 1
Домен PF01674 не очень распространен, чаще всего встречается у бактерий;у животных, зеленых растений,грибов и архей-в единичных случаях, что скорее всего связано с его функцией.

Задание 3

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№ PFAM ID Bacillus subtilis
1. Lipase_2 A5HLW9_BACSU,B7UDC5_BACSU,B8YLY0_BACSU,Q83ZY1_BACSU,ESTB_BACSU,B1PN84_BACSU,ESTA_BACSU
Данный домен достаточно распространен, встречается в 7 белках бактерии Bacillus subtilis.

Задание 4

Доменные перестройки


Доменная организация PF01674 Домен PF01674(Lipase_2)встречается на разных концах последовательности, в виде однодоменного варианта:
ESTA_BACSU( Lipase estA EC=3.1.1.3 (212 residues)) :
Найдено 205 последовательностей с такой архитектурой.
Также данный домен встречается в сочетании с доменом SF3b10(splicing factor 3B subunit 10-фактор сплайинга 3B cубъединицы)
A8XGX8_CAEBR(Putative uncharacterized protein (219 residues)):
Найдена 1 последовательность с такой архитектурой.

Таким образом, для домена PF01674 характерны только 2 архитектуры.

Задание 5

выравнивание-затравка (seed) для N-концевого домена белка ESTA_BACSU в формате msf


Задание 6

Сравнение описания мотивов в разных базах данных(InterPro и Pfam)

Описание всех подписей, интегрированнных в InterPro:(для белка ESTA_BACSU)

  1. Cамый короткий мотив-Lipase_2(PF01674).Он описан в базе данных Pfam. Тип распознающего правила: Pfam ID/Pfam AC
  2. Cамый длинный мотив-G3DSA:3.40.50.1820. Описан в базе даных CATH protein structure classification. Тип распознающего правила:CATH Code
  3. Cтруктурные подписи,которые интегрированы в InterPro:
  4. Границы структурных доменов немного отличаютя от границ доменов Pfam :
    Pfam: 35-128(разница около 80 остатков=> структурные домены с такими границами включают основную информацию о белке)
    PDB:32-212
    CATH:33-211
    SCOP:32-212

Главная страница
Страница второго семестра

© Naraykina Yulya,2010