Программа MEME

1.Поиск мотивов в наборе гомологов белка ESTA_BACSU программой MEME

результаты поиска

  1. Программой ememetext было найдено 3 мотива
  2. МОТИВ 1:
    1. Нашелся во всех последовательностях:ESTA_BACSU,ESTB_BACSU,LIP_VIBCH,LIP_BURGL
    2. Координаты в ESTA_BACSU:72-118
    3. P-value для ESTA_BACSU:1.76-49
    4. Длина:47
    5. Энтропия:145.3 bits
  3. МОТИВ 2:
    1. Мотив найден только в двух белках: LIP_VIBCH,LIP_BURGL, в заданном мне белке ESTA_BACSU не нашелся.
    2. Длина: 47
    3. Энтропия:178.7 bits
  4. МОТИВ 3:
    1. Мотив нашелся в двух белках:ESTA_BACSU и ESTB_BACSU
    2. Координаты в ESTA_BACSU:146-188
    3. P-value для ESTA_BACSU:2.79e-52
    4. Длина:43
    5. Энтропия:166.5 bits

      2. Найденные мотивы программой MEME в выравнивании гомологичных последовательностей, полученном программой muscle


      Фиолетовым цветом выделен первый мотив, зеленым-второй,сиреневым-третий.
      файл в msf-формате

      3. Поиск программой MAST мотивов,найденных программой MEME, в последовательностях, из которых составлено выравнивание (seed) одного из доменов белка ESTA_BACSU, взятое из Pfam

      результат поиска
      1)Из 15 последовательностей:
      -первый мотив встречается в 8 последовательностях;
      -третий мотив только у 1 последовательности;
      -второй мотив не встречается;
      -выравнивание, взятое из Pfam, не всегда соответсвует мотивам(напимер, участок выравнивания белков O33969_STRCJ(52-253) и Q19310_CAEEL(67-318))

      4.* Cервис MEME Suite

      Motif-based sequence analysis tools:

      Для этого сервера характерен достаточно удобный интерфейс. Появляются новые программы, такие,как Glam2, которые позволяют использовать выравнивания с гэпами. Программы этого сервера играют большую роль в поисках и сравении мотивов.

      Главная страница
      Страница второго семестра

      © Naraykina Yulya,2010