Паттерны и банк Prosite

Задание 1

Характеристика паттерна	Паттерн	В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну?	Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
Фрагмент последовательности	P-V-V-L-V-H-G-I-S-G-A-S-Y-N-F-F-A-I	1	Да
Сильный	P-[VI]-[VI]-[ML]-V-H-G-[IL]-[GSFA]-G-[AFT]-[SD]-x(0,1)-[NTK]-[FL]-[AF]-[AGN]-[IMV]	4	Да
Слабый	[VILM]-[MLIV]-[VILM]-{AG}-[GALIV]-[ILMV]-[GSFA]-[GALIV]-[AFT]-[SD]-X(0,1)-[NTK]-[FL]-[AF]	7	Да

Провела поиск последовательностей банка Swiss-Prot, включающих мотивы, соответствующие каждому из полученных паттернов.
Первый паттерн находит только белок, фрагмент последовательности которого является паттерном(ESTB_BACSU).
Сильный находит только последовательности из моего выравнивания.
Слабый паттерн получен путем его сокращения на 2 позиции с каждого из концов,в одном случае-запрет на маленькие остатки, в других-модификация,исходя из родственных свойств аминокислотных остатков.Найденные белки имеют не совсем схожие функции.

Задание 2

Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке ESTA_BACSU

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования	паттерн	G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}	неспецифична	10
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования киназы белка С (Protein kinase C phosphorylation site)	паттерн	[ST]-x-[K]	неспецифична	2
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования кеназы казеина 2 (Casein kinase II phosphorylation site)	паттерн	[S]-x(2)-[D]	неспецифична	2

Главная страница
Страница второго семестра