| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||||
| Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 7 | 162 | 0,004 | 0,006 | 882 | 0,004 | 0,053 |
| SSRP_ECOLI | P0A832 | 2 | 514 | 3e-10 | 5.4 | 514 | 1e-31 | 0.36 |
| RP5M_RHIME | P17265 | 4 | 15 | 0.005 | 0.12 | 25 | 8e-15 | 0.025 |
| ESTA_BACSU | P37957 | Больше 5 | 6 | 0.003 | 0.042 | - | - | - |
Две из четырех последовательностей сошлись в пределах пяти итераций.Одна из исходных аминокислотных последовательностей белка MINC_ECOLI и мой белок(ESTA_BACSU), к сожалению, расходятся в течение 5 итераций.(Но MINC_ECOLI сходится на 7 итерации).Белок, выданный мне,не сходится даже на 8 итерации при установленном пороге E-value 0.005. Последовательно, от итерации к итерации, "разрыв" между значениями E-value у худшей находки выше порога и лучшей – ниже порога,чаще всего, медленно увеличивается.
При этом у "лучшей" находки(т.е., поданного на вход белка)( SSRP_ECOLI) значения E-value увеличиваются с каждой итерации, а у "средней" уменьшаются.
| ID белка | AC белка | Число итераций | Для первой итерации | Для последней итерации | ||||
| Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | Число находок выше порога (0,005) | Худшее E-value выше порога | Лучшее E-value ниже порога | |||
| MINC_ECOLI | P18196 | 3 | 155 | 0.001 | 0.001 | 188 | 3e-10 | 0.001 |
| ESTA_BACSU | P37957 | больше 5(порог 0.001) | 4 | 2e-09 | 0.001 | - | - | - |
| ESTA_BACSU | P37957 | 5(порог 0.0001) | 3 | 6e-05 | 2e-04 | 21 | 4e-26 | 0.009 |
Порог 0.001: для белка MINC_ECOLI список стабилизировался уже на третьей итерации, для аминокислотной последовательности моего белка пяти итераций не хватило. Но при замене порога на 0.0001 для белка ESTA_BACSU список стабилизировался на пятой итерации. Главная страница
Страница второго семестра