Комплексы ДНК-белок

Задание 1. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре(ДНК и F,J цепи белка)

Упр.1
Скрипт 1:
1. Множество атомов кислорода рибозы (set1).
2. Множество атомов кислорода в остатке фосфорной кислоты (set2).
3. Множество атомов азота в азотистых основаниях (set3).
Скрипт 2:
Последовательное изображение всей структуры, только ДНК в проволочной модели, той же модели, но с выделенными шариками множеством атомов set1, затем set2 и set3.
Упр.2. ДНК-белковые контакты в заданной структуре. Сравнение количества контактов разной природы.
Будем считать полярными атомы кислорода и азота, а неполярными - атомы углерода, фосфора и серы. Назовем полярным контактом ситуацию, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5A. Аналогично, неполярным контактом будем считать пару неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5A.
Скрипт

Таблица. Контакты разного типа в комплексе 1A02.pdb

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
остатками 2'-дезоксирибозы	3	7	10
остатками фосфорной кислоты	12	7	19
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки	3	16	19
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки	0	0	0

Упр3.Схема ДНК-белковых контактов

Задание 2. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

Реальная и предсказанная вторичная структура тРНК из файла 1N77.pdb

Участок структуры (расшифровку названий см. на рис. 2 в статье О.О.Фаворовой)	Позиции в структуре (по результатам *find_pair*)	Результаты предсказания с помощью *einverted*	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5' 501-507 3' 5' 566-572 3' Всего 7 пар	предсказано 5 пар из 7	предсказано 7 пар
D-стебель	5' 510-513 3' 5' 522-525 3' Всего 4 пары	предсказано 0 пар	предсказано 4 пары
T-стебель	5' 549-553 3' 5' 561-565 3' Всего 5 пар	предсказано 0 пар	предсказано 4 пары
Антикодоновый стебель	5' 538-544 3' 5' 526-532 3' Всего 7 пар	предсказано 5 пар	предсказано 5 пар
Общее число канонических пар нуклеотидов	19	10	17

Главная страница
Страница третьего семестра