EC(Классификация ферментов)
KEGG(Метаболические пути)

1. Код заданного фермента

Белок: RHAA_ECOLI

L-rhamnose isomerase
EC=5.3.1.14
В данном коде( INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY):
5. Isomerases/Изомеразы
5.3 Intramolecular Oxidoreductases/Внутримолекулярные оксидоредуктазы
5.3.1 Interconverting Aldoses and Ketoses/Взаимопревращения альдоз и кетоз
5.3.1.14 L-rhamnose isomerase/ Изомераза L-рамнозы((6-дезоксиманнозы) - моносахарида из группы гексоз с общей формулой C6H12O5)

Reaction: L-rhamnose = L-rhamnulose


2. Метаболические пути изучаемого фермента

Имя локуса гена фермента:b3903, JW5561
Поиск гена по названию локуса проводился в БД KEGG(eco:3903)
Метаболический путь:
eco00051 Fructose and mannose metabolism/ Метаболизм фруктозы и маннозы


3. Структурные формулы L-аспартата и L-лизина (KEGG LIGAND Database)

L-Aspartate/L-аспартат
Идентификатор: C00049
Формула:


L-Lysine/L-лизин
Идентификатор: C00047
Формула:


4. Метаболический путь от L-аспартата к L-лизину

Выбранная цепочка ферментативных реакций:
путь: биосинтез лизина
цепочка: L-аспартат →L-лизин



5. Сравнение метаболических путей у разных организмов

Возможность выбранной цепочки ферментативных реакций в разных организмах с известными полными геномами.
Организм Возможна ли цепочка реакций
(да/нет/неизвестно)		 Обоснование
Escherichia coli K-12 MG1655 нет неизвестны гены нескольких ферментов, катализирующих реакцию
Archaeoglobus fulgidus нет не имеет такого пути
Arabidopsis thaliana нет неизвестны гены 2 ферментов
Homo sapiens нет не имеет такого пути

6. Сравнение ферментов из далеких организмов

EC=1.1.1.42
1. Запрос в SRS: (([uniprot-ID:*_ARCFU] | [uniprot-ID:*_HUMAN]) & [uniprot-ECNumber:1.1.1.42]). (Нашли ферменты с заданным ЕС кодом у человека и археи Archaeoglobus fulgidus)
Была снята опция использования маски(Use wildcards) с целью поиска ферментов именно с таким EC, а не с похожими.
Нашлось 12 белков:IDHC_HUMAN, IDHP_HUMAN, IDH_ARCFU, B2R5M8_HUMAN, B4DFL2_HUMAN, Q0QER2_HUMAN, Q13584_HUMAN, Q53GL5_HUMAN, Q567U4_HUMAN, Q6FHQ6_HUMAN, Q6FI37_HUMAN, Q6FIA4_HUMAN.

2. Использование режима SW_InterProMatches позволяет увидеть доменную организацию белков.
Доменная организация по PFAM у найденных белков одинакова. Они все содержат один и тот же домен: PF00180. Для дальнейшей работы были выбраны 2 белка:IDHC_HUMAN, IDH_ARCFU.

3. Выравнивание выбранных белков
Идентичность: 21,5%

4. Лучший ортолог из архей для выбранного человеческого белка(ген PICD): dka:DKAM_0286 extracellular solute-binding protein ; организм: Desulfurococcus kamchatkensis ; идентичность 22,8%; длина выравнивания 184 а.о. .
Лучший ортолог у эукариот для выбранного белка архей не найден. В целом, сравнение ферментов из далеких организмов не дало положительного результата. Найденный ортолог из архей имеет маленькую идентичность с человеческим белком, а для белка археи не были найдены ортологи у эукариот.

Главная страница
Страница четвертого семестра

© Naraykina Yulya,2011