Gene Ontology

  1. Знакомство с терминологией GO

      2. Мой белок: ESTA_BACSU

      Описание функции белка ESTA_BACSU в соответствии с GO-аннотацией

        Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
      (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
      Где? Cellular Component 2 Внеклеточная область
      Зачем, для чего? Biological Process 1 Химические реакции, в результате которых происходит расщепление жиров
      Молекулярный механизм? Molecular Function 2 Катализ реакции: триацилглицерид + H2O = диацилглицерин + анион жирной кислоты.
      Специфичность?     Не указано

      Описание 3 терминов GO, ассоциированных с белком ESTA_BACSU

      GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
      GO:0016042 exact: lipid breakdown
      exact: lipid catabolism
      exact: lipid degradation
      exact: lipolysis
      alt_id: GO:0006724
      		Cвязь is_a (inferred):biological_process (GO:0008150),metabolic process (GO:0008152),primary metabolic process (GO:0044238),catabolic process (GO:0009056),lipid metabolic process (GO:0006629) Связь is_a:cellular lipid catabolic process (GO:0044242),multicellular organismal lipid catabolic process (GO:0044240),steroid catabolic process (GO:0006706)
      Cвязь negatively_regulates:negative regulation of lipid catabolic process (GO:0050995)
      Cвязь positively_regulates:positive regulation of lipid catabolic process (GO:0050996)
      Связь regulates:regulation of lipid catabolic process (GO:0050994)
      GO:0016787 нет Связь is_a:molecular_function (GO:0003674),catalytic activity (GO:0003824) Связь is_a:beta-alanyl-dopamine hydrolase activity (GO:0003832),beta-alanyl-histamine hydrolase activity (GO:0031964),cytosine C-5 DNA demethylase activity (GO:0051747),deacetylase activity (GO:0019213),GPI-anchor transamidase activity (GO:0003923),hydrolase activity, acting on acid anhydrides (GO:0016817),hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds (GO:0016822),hydrolase activity, acting on acid carbon-phosphorus bonds (GO:0016827),hydrolase activity, acting on acid halide bonds (GO:0016824),hydrolase activity, acting on acid phosphorus-nitrogen bonds (GO:0016825),hydrolase activity, acting on acid sulfur-nitrogen bonds (GO:0016826),hydrolase activity, acting on acid sulfur-sulfur bonds (GO:0016828),hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds (GO:0016810),hydrolase activity, acting on carbon-sulfur bonds (GO:0046508),hydrolase activity, acting on ester bonds (GO:0016788),hydrolase activity, acting on ether bonds (GO:0016801),hydrolase activity, acting on glycosyl bonds (GO:0016798),peptidase activity (GO:0008233),serine hydrolase activity (GO:0017171)
      GO:005576 exact: extracellular Связь is_a:cellular_component (GO:0005575) Cвязь is_a:apoplast (GO:0048046)
      Связь part_of:extracellular region part (GO:0044421)

    1. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt

      1. Определение числа реальных и гипотетических белков коровы

        2. Русское название таксона: Корова
        Латинское название: Bos taurus
        Английское название: Cow
        Taxonomy ID: 9913
        Ранг: species

        Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Коровы (по данным UniProt)

          Количество в UniProt Количество в UniRef100
        Существование белка доказано экспериментально 1366 1386
        Известны только соответствующие транскрипты 11862 11675
        Гипотетический белок, предсказан по гомологии 2264 2228
        Иные предсказанные гипотетические белки 6653 6399

      2. Использование GO для работы с массовыми данными

        1. Опиcание протеома бактерии, полный геном которой секванирован, используя термины GO. (бактерии)

          2. Бактерия: Maricaulis maris MCS10
          -Число белков в протеоме бактерии: 3060


          -Запрос в SRS для поиска в банке Uniprot по имени организма выдает правильное число записей белков(3060);
          -Файл Excel с анализом ссылок на словари GO
          Самым распроcтраненным оказался термин GO:0005524;(acetyl-CoA carboxylase activity; IEA:EC). По полученным результатам видно,что распроcтраненность терминов напрямую связана с жизненной необходимостью описываемых процессов.

        2. Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией

          3. Таксон: Bos taurus
          Функция:биосинтез пуринов/biosynthesis of purines
          Самый подходящий идентификатор GO(консорциум Gene Ontology):GO:0009113 : purine base biosynthetic process
          Словарь, к которому относится идентификатор:biological process
          Запрос:((([uniprot-Organism:Bos*] & [uniprot-Organism:taurus*]) | [uniprot-Organism:Bos taurus*]) & [uniprot-DBxref_:GO:0009113*])
          Находки:6 находки в FASTA-формате

          Главная страница
          Страница четвертого семестра

          © Naraykina Yulya,2011