Простейший профиль:частотная матрица

1.Построение частотной матрицы (профиля) по участку выравнивания программой prophecy

2.Поиск участков в бактериальных белках из Swiss-Prot, дающих счёт выше 30 при сравнении с созданным профилем

Анализ списка найденных белков и сравнение его со списком всех белков подсемейства

1. Число верных находок ("True positive hits", TP, то есть тех, которые присутствуют как в списке находок, так и в списке белков подсемейства):141
2. Число ложных находок ("False positive hits", FP : белков, не принадлежащих подсемейству, но попавших в список находок; они же ошибки первого рода):1727
3. Число ненайденных белков подсемейства (ложноотрицательных результатов, "False negatives", FN), или ошибок второго рода:1
4. Чувствительность TP/(TP+FN):0,993
5. Селективность TP/(TP+FP):0,0755
   
   
   Под ROC-кривой в нашем случае понимается набор точек, чьи горизонтальные координаты равны числам FP при всевозможных (в некотором диапазоне) порогах, а вертикальные - соответствующим значениям TP. Если соединить точки, отвечающие соседним значениям порога, то получится ломаная, которая при большом числе находок выглядит как кривая. Грубо говоря, чем выше расположена эта кривая, тем лучше наш профиль.
   Таким образом, чувствительность профиля выше селективности созданного паттерна.
   Для повышения селективности и сохранения нормального соотношения чувствительности и селективности можно взять порог=71(селективность=0,9366).
   

   Главная страница
   Страница четвертого семестра

   ---

   © Naraykina Yulya,2011