Алгоритмы реконструкции филогении. Занятие 3

Задание 1 . Укоренение в среднюю точку.

Дерево,созданное алгоритмом Neighbor-Joining

Дерево,укорененное в среднюю точку c помощью программы retree:

В отличие от правильного, на дереве присутствует ветвь (LACLM,STAES).
Укоренение произошло в ветвь (CLOTE,THETN) против (ENTFA,LACLM,STAES,LISMO,ENTFA).

Правильное дерево укоренено в эту же ветвь. Почему нельзя укоренить в среднюю точку деревья,посторенные методом максимальной экономии?
Метод максимальной экономии выдает дерево без длин ветвей, причем таких "одинаково экономных" деревьев может быть несколько.

Почему не имеет смысла укоренять в среднюю точку дерево,построенное методом UPGMA?
Дерево,построенное алгоритмом UPGMA, укоренено.

Задание 2. Использование внешней группы.

Программой fprotpars было реконструировано укоренённое дерево отобранных бактерий, используя то же семейство белков, что и в предыдущем задании, а в качестве внешней группы - белок того же семейства из кишечной палочки (Escherichia coli, ECOLI)-ENO_ECOLI.

Полученное дерево,обработанное программой retree:

10-корень дерева,что и подтверждает ввод внешней группы. Она указывает на родство раннее исследуемых бактерий.

Задание 3. Бутстрэп.

Был произведен бутстрэп-анализ филогении с использованием программы fprotpars(а также fseqboot и fconsense).
Из полученных деревьев было создано единое дерево по принципу "расширенного большинства" (extended majority rule tree).
Выходной файл программы fconsense

Реконструкция филогении по сравнению с результатом fprotpars на исходном выравнивании немного улучшилась. После предположительного укоренения полученного дерева можно заметить,что они не идентичны. У дерева, полученного бутстрэп-анализом, 2 общие ветви с правильным деревом:(CLOTE,THETN),(ENTFA,LACLM) против одной в случае fprotpars.
Среди ветвей, не получивших большинства, есть две верных:(LACLM,ENTFA) и (LISMO,BACSU).

Главная страница
Страница четвертого семестра