Практикум 2:кристалл, группа симметрий, структурные факторы (Pymol и PDB записи)

Материал: белок(1I6W), его электронная плотность

1.Изображение электронной плотности вокруг отдельных аминокислотных остатков

Уровни подрезки электронной плотности: 1.0(белый цвет), 2.0 (желтый цвет), 3.0 (голубой цвет).

Триптофан:

Фенилаланин:(плохо вписан в электронную плотность, уровень подрезки=1,5)

2.Кристалл, группы симметрий, структурные факторы

1.Форма кристаллографической ячейки:

Ячейка ортогональна, белок в ее центре.
Параметры ячейки указаны в pdb-файле.

CRYST1 39.639 83.201 95.752 90.00 90.00 90.00 P 21 21 21 8
1)Длины сторон параллелепипеда (в ангстремах)= 39.639, 83.201, 95.752.
2)Углы между сторонами (в градусах)= 90.00, 90.00, 90.00.
3)Тип ячейки (a primitive unit cell) и тип центрирования-P 21 21 21.
4)8-число полипептидных цепей в элементарной ячейке.

2.Изображение окружения белковой молекулы

Для определения количества белковых молекул, с которыми контактирует исходный белок на расстоянии менее 5Å, использовали команду symexp.
Количество соседей:12.

3.Структурные факторы

Файл структурных факторов, содержащий результаты рентгеноструктурного эксперимента:1i6w-sf.cif
В данном файле нет отдельных строк с указанием того,сколько структурных факторов было получено в эксперименте, какая максимальная и минимальная измеренная амплитуда рефлекса.
По расчётам:
Количество структурных факторов:41796
Максимальная измеренная амплитуда рефлекса:2387.600
Минимальная измеренная амплитуда рефлекса:12.800

4.Кристаллографическая симметрия