Практикум 1: электронная плотность, кинематическая теория рассеяния, соответствие модели экспериментальным данным

Материал: белок(1I6W), его электронная плотность.

1. Изображение электронной плотности вокруг полипептидной цепи

Пептид: 37-45 а.о. цепи А
Уровни подрезки электронной плотности: 1.0(белый цвет), 2.0 (желтый цвет), 3.0 (голубой цвет).

2.Изображение электронной плотности вокруг отдельных аминокислотных остатков

Уровни подрезки электронной плотности: 1.0(белый цвет), 2.0 (желтый цвет), 3.0 (голубой цвет).

Триптофан:

Фенилаланин:

Аргинин:

Таким образом,полученные изображения свидетельствуют о том, что с увеличением электронной плотности уменьшается радиус облака ЭП вокруг структуры.
Электронная плотность сосредоточена больше всего вокруг наиболее электроотрицательных атомов.
Отсутствие изображения электронной плотности вокруг боковых групп некоторых аминокислотных остатков может быть следствием корректировки структуры после решения фазовой проблемы методом молекулярного замещения.