Практикум 3: рассеяние на кристалле, разрешение гармоники, разрешение структуры, фазовая проблема

1. Статья

G.VAN POUDEROYEN,T.EGGERT,K.E.JAEGER,B.W.DIJKSTRA JRNL TITL THE CRYSTAL STRUCTURE OF BACILLUS SUBTILIS LIPASE:
JRNL TITL 2 A MINIMAL ALPHA/BETA HYDROLASE FOLD ENZYME.
JRNL REF J.MOL.BIOL. V. 309 215 2001
JRNL REFN ISSN 0022-2836
JRNL PMID 11491291
JRNL DOI 10.1006/JMBI.2001.4659
Cсылка на статью

2. Информация о гомологах белка ESTA_BACSU(PDB ID: 1I6W), полученная с помощью BLAST

Таблица

3. Краткое описание белка ESTA_BACSU

a. Главный биологический результат статьи: определена рентгеновская структура липазы LipA из Bacillus subtillis c разрешением 1,5Å.Это первая структура семейства I.4. бактериальных липаз. Фермент имеет α/β укладку. Аминокислотные остатки, формирующие каталитическую триаду (Ser77, Asp133, His156) и оксианионную впадину, находятся в позициях, схожих с таковыми в липазах с известной структурой. Также на основе сравнения с похожими ферментами была создана предполагаемая модель связывания субстрата (предпочтительно триацилглицеролы с С8-цепями жирных кислот).

b. Разрешение структуры: 1,5Å

c. Метод решения фазовой проблемы: двухкратное изоморфное замещение

d. Количество измеренных структурных факторов:

Всего:689356
Unique reflections:41851
Количество структурных факторов с силой сигнала больше 3,0:40441(96,7%)

e. R-factor=0.177 (obs.)
R-Free=0.206

f.Источники
Cсылка на статью
Белок(1I6W), его электронная плотность

g. Выравнивание полной последовательности белка (из Uniprot) и белка, представленного в PDB файле с помощью JalView:

>UniProt/Swiss-Prot|P37957|O34644|Q2XU59|ESTA_BACSU/1-212 Lipase estA MKFVKRRIIALVTILMLSVTSLFALQPSAKAAEHNPVVMVHGIGGASFNFAGIKSYLVSQGWSRDKLYAVDF WDKTGTNYNNGPVLSRFVQKVLDETGAKKVDIVAHSMGGANTLYYIKNLDGGNKVANVVTLGGANRLTTGKA LPGTDPNQKILYTSIYSSADMIVMNYLSRLDGARNVQIHGVGHIGLLYSSQVNSLIKEGLNGGGQNTN
>PDB|1i6w|1I6W|A/3-181 ---------------------------------HNPVVMVHGIGGASFNFAGIKSYLVSQGWSRDKLYAVDF WDKTGTNYNNGPVLSRFVQKVLDETGAKKVDIVAHSMGGANTLYYIKNLDGGNKVANVVTLGGANRLTTGKA LPGTDPNQKILYTSIYSSADMIVMNYLSRLDGARNVQIHGVGHIGLLYSSQVNSLIKEGLNGGGQNTN

В PDB файле 179 аминокислот цепи А, а в полной последовательности (UniProt)-212 а.о.