Мой белок - AMA73680.1, ADP-ribose pyrophosphatase. Поиск - внутри таксона Aneurinibacillus sp., так как изначально находок было слишком много.
По полученным данным можно предположить, что гомологичными выбранному являются только первые восемь белков. Такой вывод можно обосновать следующими доводами:
- Позиции 129-154 отражают 95 %-ную функциональную консервативность (также достаточно высока и простая консервативность) у этих белков. Причем важно отметить, что этот блок совпадает с активным центром (см. схему ниже), что объясняет высокую консервативность этих позиций.
Нгомологичный белок лишен подобной аминокислотной структуры активного центра.
- Позиции 82-158 и 181-212 также имеют большую схожесть, но только у подгруппы гомологичных белков, из чего можно сделать вывод, что момент расхождения произошел позже.
Однако, изменения в основном представлены заменой 2-3 аминокислотных остатков подряд, что не дает включить их в блок, но позволяет сделать обоснованное предположение о гомологичности.
- Позиции 244-253. Определение блока выполняется только для первых четырех гомологов, однако характер изменений аналогичен описанному в предыдущем пунтке.
JalView
Крупные перестройки
Локальное сходство белков
- На осях следующие белки: абсцисса - AMA73680.1, ADP-ribose pyrophosphatase [Aneurinibacillus sp. XH2] и ордината - WP_043069641.1 NUDIX hydrolase [Aneurinibacillus migulanus], 1 и 5 позиции из предыдущего задания, чья гомологичность уже доказана
- Заданные параметры: Word size = 2, пороговый E-value = 5E-11
- Красным цветом отмечены индели, повлекшие возникновение небольших негомологичных вставок во входной последовательности.
- Оранжевым - в гомологичной ей.
- Довольно интересный момент - дупликация участков в обеих последовательностях (гомологичны, выделены синим прямоугольником), что говорит о том, что расхождение произошло уже после дупликации. Также стоит отметить, что во входной последовательности дупликация неполная.
- В начале AMA73680.1 присутствует негомологичный участок, чем объясняется его большая длина по сравнению с другим белком.
- В итоге последовательности можно приближенно изобразить следующим образом:
AMA73680.1 A B C D B D E
WP_043069641.1 B C D B G
Каждая буква - определенный участок, A - начальный фрамент AMA73680.1, не имеющийся у WP_043069641.1. B - дуплицированный участок, выделенный синим. E и G - концевые участки.
Дополнение к вопросу о гомологии.
Так как решение о гомологичности белков или их частей (доменов), принимается исследователем, я
считаю возможным назвать эти белки гомологичными, потому что, на мой взгляд, они имеют достаточную для
этого схожесть.
Со значительно большей уверенностью можно говорить о гомологичности домена, обозначенного буквой "B"
(для AMA73680.1 - позиции 40-70).
Источники:
BLAST
Назад
© Петрова Юлия 2016
