Алгоритмы множественного выравнивания

Практикум 13

Выравнивание, построенное программой Tcoffee

Выравнивание, построенное программой Muscle

   Все белки взяты из предыдущего задания.

  Различия заметны с первых позиций: Tcoffee определяет начальные метионины гомологичными, но так последовательность приобретает множество инделей, тогда как её альтернатива - Muscle, - их избегает, тем самым не называя метионины гомологичными.

  Отличаются также выравнивания на участках 6-36 и 112-126. Muscle также избегает инделей,тогда как Tcoffe, выстраивая последовательность и разделяя этот участок на более мелкие фрагменты, приобретает большее их количество.

  В целом, выравнивание по Tcoffee имеет больше позиций, а значит, содержит больше гэпов. Также T-coffee получает больше функционально консервативных позиций, чем Muscle

Как видно из схемы, белок включает 2 домена, причем NUDIX домен неполный.

Первый - Cytidylyltransferase-like domain. Достоверно функция этого домена не выяснена, однако, многие из этих белков используют CTP или АТP и высвобождают пирофосфат.

Второй - Nudix domain. Довольно большая группа. NUDIX-домен организован как смешанный бета-слой, зажатый между 1 aльфа-спиралью с одной стороны и 2 aльфа-спиралями с другой. Некоторые члены суперсемейства обладают способностью деградировать потенциально мутагенные, окисленные нуклеотиды, тогда как другие контролируют уровни метаболических промежуточных продуктов и сигнальных соединений.

Белок включает уже описанный домен NUDIX и 2 декомпрессионных комплексных субъединиц мРНК. Ниже изображена его кристаллическая структура.

DCP1 - Компонент декаппингового комплекса, необходимый для деградации мРНК, как при нормальном обращении мРНК, так и в неполной мРНК, опосредованной нонсенсом. Удаляет структуру 7-метилгуаниновой колпачка из молекулы мРНК, получая 5'-фосфорилированный фрагмент мРНК и 7m-GDP.

DCP2 - Каталитический компонент декаппингового комплекса DCP

Этот белок содержит НАДН-пирофосфатазу (NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain), и несколько усеченный в начале NUDIX domain.

Функции NADH pyrophosphatase zinc ribbon domain - связывание ионов металлов и гидролазная активность. Часто предшествует/разделяет несколько доменов NUDIX.

Описание NUDIX domain было изложено в первой таблице