Практикум 2
С помощью сервиса CluD в белке бактерии Aneurinibacillus sp. XH2 обнаружено 34 гидрофобных ядра. Пороговое значение - 3 атома. Самое крупное ядро - core3 - показано в апплете. Большинство ядер белка сравнительно малы (менее 20 атомов), но 3 разительно отличается от них по размерам - 2560 атомов из общего количества в 10713 атомов, что составляет 23,9 %.
Исследование проводилось на TYR150 из цепи G. Атомы, покрывающие поверхность исследуемого остатка тирозина, образуют практически сплошное покрытие на расстоянии 5 ангстрем. Их количество - 62. 123 атома расположены к исследуемому остатку ближе, чем на 7 ангстрем. На основании полученных данных можно охарактеризовать расстояние между двумя не связанными ковалентно атомами в белке равным 5 ангстрем. Так как Ван-дер-ваальсов радиус атома кислорода равен 1.4 ангстрема, азота - 1.54 ангстрема, углерода - 1.85 ангстрема и серы - 1.85 ангстрема,то можно произвести следующие расчеты: (с допущением, что размеры одной молекулы воды равны диаметру атома кислорода) Свободное расстояние = 5 - 2 * 1.4 = 2.2 ангстрема, что меньше диаметра молекулы воды (усл.-2.8). Что подтверждает предположение, что упаковка атомов в гидрофобном ядре плотная.
Выше представлен комплекс участка ДНК, взаимодействующий с белком ДНК-полимеразой.
Соединения такого типа осуществляют широкий спектр различных функций, основные из которых: