Анализ крупных перестроек геномов

Практикум 10

Задание 1. Выберите три генома бактерий или архей одного вида

Были выбраны 3 последовательности различных штаммов Pseudomonas aeruginosa. Соответствующие коды: CP007399.1, AP014622.1, CP010555.1

Задание 2. Вычислите сходство (identity %) на гомологичных участках геномов и покрытие геномов гомологичными участками (процент гомологичных участков от длины геномов)

Таблица

	Identity, %	Cover, %
CP007399.1 vs AP014622.1	99	90
CP007399.1 vs CP010555.1	99	92
AP014622.1 vs CP010555.1	99	88

Задание 3. Исследуйте один или несколько типов крупных перестроек

Матрицы сходства

CP007399.1 vs AP014622.1
CP007399.1 vs CP010555.1
AP014622.1 vs CP010555.1

Опираясь на визуальное представление данных, можно отметить следующие крупные перестройки:
1) В выравнивании CP007399.1 vs CP010555.1 четко видна инверсия
2) В выравнивании CP007399.1 vs AP014622.1 есть пример транслокации
3) В выравнивании AP014622.1 vs CP010555.1 - оба этих типа.
Также во всех выравниваниях можно отметить мелкие делетированные участки.