Bedtools

Практикум 13

Обязательная часть.

С результатом её выполнения можно ознакомиться в предыдущем практикуме.

Дополнительные задачи. Задание 1. Получить из файла с выравниванием файл с чтениями в формате fastq

Исходные файлы: alisort1.bam
Команда: /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools bamtofastq -i alisort1.bam -fq z1.fq
Результат: z1.fq

Задание 2. Получить файл с нуклеотидной последовательностью (.fasta) для одного из покрытых Вашими чтениями генов.

Исходные файлы: chr5.fasta, forz2.bed
Команда: /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools getfasta -fi chr5.fasta -bed forz2.bed> z2.fasta
Результат: z2.fasta

Задание 3. Разбить свою хромосому на фрагменты по 1 млн нуклеотидов. Вычислить длину хромосомы в нуклеотидах и количество интервалов.

Исходные файлы: chr5.gen
Команда: /P/y14/term3/block4/SNP/bedtools2/bin/bedtools makewindows -g chr5.gen -w 1000000 > z3.bed
Результат: z3.bed, длина хромосомы - 181538259 пар нуклеотидов, получилось 182 интервала