Заданная тРНК - 1ffy (Isoleucyn-tRNA Synthetase). Результаи выполнения задания представлен в таблице ниже, сравнение - с данными, полученными ранее.
Таблица 1
| Участок структуры | Позиции в структуре | Предсказание einverted | Предсказание по Зукеру |
| Акцепторный стебель | 5' 1-7 3' 5' 66-72 3' Всего 7 пар |
Все пары предсказаны | |
| D-стебель | 5' 10-13 3' 5' 22-25 3' Всего 4 пары |
Предсказано 6 пар | Все пары предсказаны |
| Антикодоновый стебель | 5' 39-43 3' 5' 27-31 3' Всего 5 пар |
Все пары предсказаны | Все пары предсказаны |
| T-стебель | 5' 49-53 3' 5' 61-65 3' Всего 5 пар |
Все пары предсказаны | |
| Число канонических пар нуклеотидов | 19 | 11 | 19 |
Программа einverted была использована с параметрами:
Gap penalty: 5 Minimum score threshold: 10 Match score: 3 Mismatch score: 0
Лучшее предсказание вторичной структуры (алгоритм Зукера):
Упражнение 2
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 5 | 35 | 40 |
| остатками фосфорной кислоты | 24 | 21 | 45 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 10 | 6 | 16 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 1 | 0 | 1 |
*Атомы малой и большой бороздок: (по данным, взятым из предыдущего практикума студентов ФББ):
Большая: A - C6, C5, N6, N7, C8; C - C6, C5, C4, N4; G - C6, O6, C5, N7, C8; T - C4, O4, C5, C6, C7
Малая: A - C2, N3, C4; C - C2, O2; G - C2, N3, N2; T - C2, O2
Полярный контакт - ситуация, в которой расстояние между полярным атомом белка и полярным атомом ДНК меньше 3.5A.
Неполярный контакт - пара неполярных атомов на расстоянии меньше 4.5A.
Согласно данным, приведенным в таблице:
> Данный белок в основном взаимодействует с сахаро-фосфатным остовом ДНК.
> Белок практически не взаимодействует с малой бороздкой ДНК.
Подобные наблюдения можно объяснить сравнительной физической досупностью для белка вышенахванных частей молекулы ДНК: сахаро-фосфатный остов находится "снаружи" молекулы, а потому легко доступен для контакта, тогда как основания малой бороздки напротив "внутри" ДНК - а потому доступ к ним затруднен.
Популярная схема ДНК-белковых контактов, полученная с помощью программы nucplot
В соответствие со схемой, наибольшее количество контактов с ДНК имеет аминокислотный остаток Arg466(A).
Исходя из данных, полученых в файле 1r4o_old.bond, выданном программой nucplot, а также соображения, что для распознавания последовательности ДНК белком наиболее важными являются контакты между остатками аминокислот и азотистыми основаниями, я считаю, что самые значимые контакты образуют остатки Arg466(A) и Arg496(A)
Иллюстрация контакта обозначенных выше аминокислотных остатков с ДНК:
| Arg466(A) | Arg496(A) |
 |
 |
Назад
© Петрова Юлия 2016