Чтение последовательностей по Сэнгеру

Последовательность ДНК на основании данных, полученных из капиллярного секвенатора по Сэнгеру.

    Общая характеристика хроматограммы:

• Длины начальных нечитаемых участков: для прямого прочтения - до 38 основания, для обратного - до 20 (здесь и далее - нумерация для компементарной цепочки).
  На конечных участках: для прямого - после 648 основания, для обратного - на мой взгляд, хроматограмма читаема до конца.
• За исключением некоторых моментов (например - 639-645 при обратном прочтении), уровень шума достаточно низок - около 10% от нормального сигнала и меньше.
• Для обоих прочтений: сила сигнала варьирует в достаточно широких пределах, но сигнал всегда отличим от шума. Шум практически всегда на очень низком уровне, но дважды образует широкие очень размытые пики сопоставимой с сигналом высотой, но которые достаточно легко отличить от непосредственно сигнала.
• В прямом прочтении качество хроматограммы начинает падат начиная с 630 основания. В обратном - размытые пики на участке 50-70. Хорошее качество до конца хроматограммы.

    Примеры исправления нуклеотидов:

1	2	3-5
Прямое прочтение (хроматограмма сверху). 50-й нуклеотид программа обозначила как N, однако при анализе хроатограммы очевидно, что это T. Так же это явно читается при обратном прочтении (хроматограмма снизу).	Прямое прочтение (хроматограмма сверху). 396-й нуклеотид обозначен программой как T, хотя случай осложняется достаточно высоким вторым пиком в этой позиции. Однако сопоставлние с обратным прочтением (хроматограмма снизу) позволяет удостовериться, что это действительно T.	Обратное прочтение. В прямом прочтении данный участок нечитаем, а потому все выводы делались исключительно по данным хроматограммы. В 34-й, 37-й и 40-й позиции программой предложен вариант N, тогда как я считаю целесообразным поставить Y, C и R соответственно. В первом и последнем случае мы можем говорить о полиморфизме, так как присутствуют 2 пика сопоставимой высоты. Во втором случае второй пик, скорее всего, можно отнести к шуму.