Нуклеотидные банки данных

Практикум 7

Задание 1. Охарактеризуйте качество сборки генома эукариотического организма.

Задание выполнено в Google форме.

Задание 2. Опишите семь ключей, используемых в таблицах особенностей.

Задание выполнено в Google форме.

Задание 3. Опишите состояние дел в одном из массовых геномных проектов.

     Для описания мной выбран проект MGC (Mammalian Gene Collection) - коллекция полных последовательностей открытых рамок считывания (full-length protein-coding (FL-CDS) cDNA clones) геномов человека, мыши и крысы.
    Целью MGC, являющейся инициативой транс-NIH, является предоставление исследователям неограниченного доступа к полноразмерным протеин-кодирующим (FL-CDS) cДНК клонам человеческих, мышиных и крысиных генов. С 2005 году в проект добавлены сДНК коровы, созданные Genome Canada.
    Клоны сДНК MGC получали путем скрининга библиотек кДНК, с помощью специфичного к транскрипции RT-PCR-клонирования, а также путем синтеза ДНК вставками кДНК. Все последовательности MGC депонированы в GenBank, и клоны можно приобрести у дистрибьюторов консорциума IMAGE.
     Год начала проекта - 2004. Год завершения - 2009. Несмотря на сравнительную давность, во многих актуальных исследованиях присутствуют ссылки на этот проект.
     Колличество секвенированных геномов:
     Последняя публикация: Homo sapiens ataxia telangiectasia mutated, mRNA (cDNA clone IMAGE:100013445), complete cds. План проекта впревые был опубликован в 2002 году, однако выполнялся вплоть до конца 2008.

Задание 4. Составьте таблицу митохондриальных генов одного из организмов указаного таксона.

Я выбрала модельный организм Mus Musculus (Домовую мышь).

Домен:	Эукариоты
Царство:	Животные
Тип:	Хордовые
Класс:	Млекопитающие
Отряд:	Грызуны
Семейство:	Мышиные
Род:	Домовые мыши
Вид:	Домовая мышь

По ссылке доступна для скачивания требуемая в задании таблица. Текст запроса: "((Mus musculus[Organism]) AND mitochondrion)", число находок в GenBank - 595, в Refseq - 132.

Задания 5-6.

Собственно, их Вы в данный момент и наблюдаете))

Задание 7. Заполните и приведите на сайте таблицу размеров геномов из презентации

Домен	Максимум	Минимум	Типичный размер
Вироиды	475 п.н. Citrus exocortis viroid	120 п.н. Avocado sunblotch viroid	330 п.н.
Вирусы	1 181 380 п.н.Samba virus	220 п.н.Rice yellow mottle virus satellite	9 500 п.н.
Бактерии	16 040 666 п.н. Minicystis rosea strain DSM 24000	36 087 п.н. Cylindrospermum sp. NIES-4074	1 200 000 п.н.
Археи	2 989 777 п.н. Candidatus Nitrosocosmicus exaquare strain G61	490 885 п.н.Nanoarchaeum equitans Kin4-M	1 500 000 п.н.
Эукариоты	895,741,386 п.о. Ixodes scapularis	218 759 000 Encephalitozoon romaleae	???