Поиск по сходству (нуклеотидный blast)

Практикум 8

Задание 1. Определить таксономию и функцию прочтенной вами нуклеотидной последовательности (из практ. 6)

Последовательность, прямое прочтение: WS2968_COI_F_C09_WSBS-Seq-4-08-15.fasta
Заданные параметры и выдача:

Максимально сходство с последовательностью, доступной по ссылке.
Организм: Polycirrus medusa (Eukaryota; Metazoa; Lophotrochozoa; Annelida; Polychaeta; Scolecida; Terebellida; Terebellidae; Polycirrus). Последовательность кодирует первую субъединицу цитохром оксидазы (ytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene).

Задание 2. Сравните списки находок нуклеотидной последовательности 3-я разными алгоритмами blast

Выполнено в google-form. Здесь представлены ссылки на выданные алгоритмами списки сходных последоательностей. Алгоритмы: Optimize for Highly similar sequences (megablast), More dissimilar sequences (discontiguous megablast), Optimize for Somewhat similar sequences (blastn).

Задание 3. Проверить наличие гомологов трех белков в геноме одного организмов

Выполнено в google-form. Таблицы: PRPC, HSP71, TBB.

Задание 4. Найти один ген белка, закодированный в одном скэффолде ''Amoeboaphelidium protococcarum'

Выполнено в google-form. Выравнивание.