Геномное окружение. База данных GO

Практикум 6

Данный белок был отнесен к COG1051.

    Информация о COG1051:
Величина e-value для белка к данному КОГу: 5.84e-17.
Интервал (по остаткам) в белке, в котором обнаруживается КОГ: 43-154.
Общая длина белка 111 аминокислотных остатков.
Название КОГа: ADP-ribose pyrophosphatase YjhB, NUDIX family (АДФ-рибоза пирофосфатаза YjhB надсемейства NUDIX).
Функциональная категория КОГа - F, Nucleotide transport and metabolism (транспорт и метаболизм нуклеотидов).

Изображение геномного окружения для обнаруженного КОГа, найденное с помощью COGNAT. Параметры запуска: Neighborhood size - 7, Occurrence Threshold - 2%, Taxonomy - Да

Полное изображение геномного окружения COG1051 в 711 прокариотических геномах.




Условные обозначения:


Консервативного геномного окружения во всех случаях не наблюдалось. Однако, можно заметить что и исследуемый COG1051, и близкий к нему по функционалу и происхождению COG2816 часто ассоциированы с COG0482, что может свидетельствовать о связи между ними (вероятнее всего - функциональной).

С помощью AmiGO поиском BLAST были найдены гомологи, лучшим из которых оказался белок BA_4316 (Full=ADP-ribose pyrophosphatase {ECO:0000313|EMBL:ANH88249.1}) из Bacillus anthracis str. Ames.
Выравнивание с ним имеет следующие параметры: P-value = 1.2e-49, Identities = 101/174 (58%), Positives = 132/174 (75%).
Этот белок явно гомологичен исследуемому (та же функция и высокое сходство последовательностей).
Далее приведены термены GO отнесенные к белку BA_4316.