Практикум 7
В качестве белка, содержащего в трансмембранной части alpha-спирали, был выбран белок 1xio семейства Microbial and algal rhodopsins, локализованный на внутренней мембране грамотрицательных бактерий.
| Название белка | Sensory rhodopsin |
| PDB ID | 1xio |
| Толщина гидрофобной части белка в мембране | 31.9 ± 1.5 A |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1(3-26),2(34-56),3(70-89),4(99-121),5(126-147),6(168-185),7(195-218) |
| Среднее количество остатков в трансмембранной спирали | 21 |
| Локализация белка | Внутренняя мембрана грамотрицательных бактерий |
В качестве белка, содержащего в трансмембранной части beta-тяжи, был выбран белок 6e4v семейства Outer Membrane Receptor (OMR), локализованный на внешней мембране грамотрицательных бактерий.
| Название белка | FhuE receptor |
| PDB ID | 6e4v |
| Толщина гидрофобной части белка в мембране | 24.2 ± 1.0 A |
| Координаты трансмембранных спиралей | 1( 190- 199), 2( 203- 212), 3( 223- 229), 4( 243- 253), 5( 257- 266), 6( 309- 318), 7( 322- 330), 8( 381- 390), 9( 397- 405),10( 454- 461),11( 469- 475),12( 493- 501),13( 508- 514),14( 536- 545),15( 550- 557),16( 591- 597),17( 606- 611),18( 631- 638),19( 648- 653),20( 678- 685),21( 693- 697),22( 720- 727) |
| Среднее количество остатков в трансмембранной спирали | 7,3 |
| Локализация белка | Внешняя мембрана грамотрицательных бактерий |
| TMHMM | Phobius |
 |
 |
Для Sensory rhodopsin в базе данных PDB была получена последовательность в fasta-формате. По ней, с помошью TMHMM и Phobius, было предсказано положение трансмембранных структур.
Оба сервиса правильно предсказали структуру белка, выделив лежащие в мембране альфа-спирали. Начальные и конечные пептиды альфа цепей также обозначены вполне корректно (ошибка в 1-2 пептида).
Значительной разницы в выдаче нет.
Только белок Sensory rhodopsin (1xio) был найден в базе данных TCDB с TCID 3.E.1.1.6.
Данный внутренний ID расшифровывается следующим образом:
> 3: Класс активных транспортных белков. Они используют энергию для активного транспорта растворенного вещества против градиента концентрации.
> 3.E: Подкласс транспортных белков, работающих с поглощением света. Транспортные системы, которые используют световую энергию для управления транспортированием растворенного вещества (например, иона), включены в этот подкласс.
> 3.E.1: Надсемейство ион-транслоцирующих микробных родопсинов (MR).
> 3.E.1.1: Семейство бактариальных родопсинов.
> 3.E.1.1.6: Сенсорный фоторецептор, не транспортирует ионы.