Практикум 9
Моя бактерия: Salmonella typhi. Количество аннотированных записей: 10, штамм - 1.
| Entry | Entry name | Protein names | Gene names | Gene coordinates |
| Q8Z5X3 | PURT_SALTI | Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase | purT STY2089, t0994 | complement(1083999..1085177) |
| P65883 | PURA_SALTI | Adenylosuccinate synthetase, AMPSase, AdSS, EC 6.3.4.4 | purA STY4723, t4417 | 4568346..4569644 |
| Q8Z4L6 | PUR4_SALTI | Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, FGAM synthase, FGAMS, EC 6.3.5.3 | purL STY2812, t0291 | 328621..332508 |
| Q60006 | FOLD_SALTI | Bifunctional protein FolD [Includes: Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, EC 1.5.1.5; Methenyltetrahydrofolate cyclohydrolase, EC 3.5.4.9] | folD STY0588, t2321 | 2385571..2386437 |
| Q8Z334 | PUR2_SALTI | Phosphoribosylamine--glycine ligase, EC 6.3.4.13 | purD STY3710, t3456 | 3545743..3547032 |
| Q8Z4Q3 | GUAA_SALTI | GMP synthase [glutamine-hydrolyzing], EC 6.3.5.2 | guaA STY2751, t0347 | 415601..417178 |
| Q8Z335 | PUR9_SALTI | Bifunctional purine biosynthesis protein PurH [Includes: Phosphoribosylaminoimidazolecarboxamide formyltransferase, EC 2.1.2.3 | purH STY3709, t3455 | 3544138..3545727 |
| Q8Z4R2 | PUR5_SALTI | Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase, EC 6.3.3.1 | purM STY2740, t0358 | complement(427024..428061) |
Запись полного генома данной бактерии в ENA/EMBL (AC: AE014613). Из этой записи были получены Upstream-регионы для всех восьми данных генов из Таблицы, по координатам указанным там же с помощью команды descseq. В качества Upstream-регионов брались 100 нуклетидов до начала гена (скрипт). Вырезанные последовательности: файл.
Комманда для MEME: ememe -dataset upstream_salty_.fasta -outdir motiv -revcomp -nmotifs 3.
Результаты. Выдача в формате HTML.
Было обнаружено три мотива с e-value: 5.8e-002, 8.6e+001, 1.6e+003. Среди них хороших (критерий e-value < 0.001) нет. Только первые 2 мотива были найдены во всех последовательностях.