Практикум 2

Вернуться к списку занятий



  1. Из практикума 1.

    2. Хорошо вписанныый остаток (LYS119),
    Уровень подрезки электронной плотности = 1.0     		Плохо вписанныый остаток (LYS119),
    Уровень подрезки электронной плотности = 1.0

  2. Группа симметрии и форма кристаллографической ячейки.


    3. Ячейка ортогональна.
    CRYST1 74.015 104.616 48.462 90.00 90.00 90.00 P 21 21 2 4
    Тип центрирования и тип симметрии - P 21 21 2
    Длины базисных периодов кристаллической решётки (в ангстремах): 74.015 104.616 48.462
    Углы между сторонами параллелепипеда (в градусах): 90.00 90.00 90.00
    Количество мономеров в ячейке - 4.

  3. Окружение белковой молекулы соседями по кристаллической решетке.

    4. Команда для визуализации белковых солекул нарасстоянии 5 А: symexp sym, 1i6n, (1i6n), 5

    Видно, что на расстоянии 5 А у белка есть 5 соседей. 
     ExecutiveSymExp: Generating symmetry mates...
 Executive: object "sym01000000" created.
 Executive: object "sym02000000" created.
 Executive: object "sym02000001" created.
 Executive: object "sym02010000" created.
 Executive: object "sym02010001" created.
  4. Структурные факторы.

    5. Файл структурных факторов, содержащий результаты рентгеноструктурного экспери
    мента, скачанный здесь.
    Количество структурных факторов -35025, не прописанно в файле, посчитано с помощью Microsoft Excel.
    Максимальная амплитуда рефлекса-0,33
    Минимальная амплитуда рефлекса-350,333

    © Karavaeva Julia 2009