Программа MEME.

На страничку второго семестра



  1. Задание 1


    2. помощью программы МЕМЕ найдено 3 мотива:
    № мотива Присутствие в последовательности Для IOLI_BACSU Характеристики
    Координаты в
    последовательности    		 E-value Длина мотива Относительная энтропия
    1 есть во всех последовательностях 208-248 1.60e-32 41 аа 107.8 бит
    2 есть во всех последовательностях 146-167 9.24e-25 32 аа 80.3 бит
    3 есть 4 из 6 последовательностей 132-142 2.14e-12 11 аа 37.0 бит


  2. Задание 2.


    3. * В файле желтым цветом выделены границы мотива 1, зеленым - 2, малиновым - 3.

    Мотивы 2 и 3 выровненны программой в точности для всех последовательностей, а мотив 1 - не выровнен.
    Выравнивание в формате MSF

  3. Задание 3.


    4. Ссылка на файл mastout

    1. Мотив 1 нашелся в 11 последовательностях из 192 исследуемых
      мотив 2 - в 150, причем в 4 два раза,
      мотив 3 - 54 раза.
    2. Все три мотива нашлись только в 1 последовательности.
    3. Выравнивание, взятое из Pfam соответствует границам мотивов.

© Karavaeva Julia 2009