Cхема из Pfam: |
|||||
| Пояснения к схеме |
|||||
| № | Pfam AC | Pfam ID | Полное название семейства доменов | Положение в последовательности белка IOLI_BACSU | Клан |
| 1. | PF01261 | AP_endonuc_2 | ТИМ баррэл, подобная изомеразе ксилозы (Xylose isomerase-like TIM barrel). Структура TIM alpha/beta barrel найдена в изомеразе ксилозы (xylose isomerase (P19148)) и в эндонуклеазе IV (endonuclease IV (P12638 EC:3.1.21.2)). Этот домен также найден на N-концах бактериальных белков, участвующих в мио-инозитол катаболических процессах. |
20–225 | Клан TIM_barrel (CL0036), содержит 54 семейства, у пяти неизвестна функция (PFAM ID начинается с DUF). Общее число доменов в клане - 89822. Все ферменты этого большого суперсемейства содержат стандартный фосфат-связывающий сайт. Фосфаты найдены во многих кофакторах и лигандов этих ферментах, таких как FMN. |
В моем белке есть только один домен - PF01261. Белки с этим доменом всречаются в 1487 видах.
|
Таксон
|
Количество белков с доменом PF01261.
|
|
| Эукариоты | Зеленые растения | 36 |
| Грибы | 160 | |
| Животные | 54 | |
| Остальные эукариоты | 21 | |
| Бактерии | 5367 | |
| Археи | 228 | |
Данный домен характерен для бактериальных клеток, однако он не абсолютно специфичен, так как он встречается и в белках эукариотических клеткок и даже в вирусных белках. В бактериальных клетках часто может иметься несколько белков с таким доменом. Однако практически всегда данный домен присутствует в белке в единственом числе.
| № | Pfam ID | Bacillus subtilis |
| 1. | AP_endonuc_2 | В протеоме Bacillus subtilis данный домен встречается в 6 белках, в каждом из них единожды. |
В протеоме Bacillus subtilis имеется 5 белков с такой же доменной организацией.
Домен AP_endonuc_2 довольно частотный для данного вида. Однако есть виды бактерий, в белках которых данный домен встречается до 48 раз (например Solibacter usitatus), а число белков с такой же доменной организацией - 13.
1) Домен PF01261(AP_endonuc_2) может находиться как на N-, так и на C-конце последовательности:
B9QW25_9RHOB: 
Q929L2_LISIN: 
2) Есть только две последовательности, в которых данный домен встречается дважды в одной последовательности.
В остальных случаях этот домен имеется в последовательности в единственном числе:
B9TBV4_RICCO:
3) Самый частотный вариант - присутствие в последовательности только этого домена (5410 последовательностий).
белок IOLI_BACSU так же отностися к данному типу организации:
3SHD_NEUCR:
4) Есть и последовательности, в которых на ряду с исследуемым доменом присутствует много других доменов, но таких последовательностей
единицы:
A1D5T9_NEOFI: 
B9XPQ5_9BACT: 
5) Имеются последовательности, в которых концы домена одинаковы и в которых последовательность на концах доменов может
несколько варьировать:
Q9YVX5_MSEPV: 
A6PPL4_9BACT: 
6) Исследуемый домен может располагаться почти вплотную к другим доменам в последовательности, но может и быть далеко разнесен с ними:
C0TGM9_9PSEU: 
C4JUN2_9EURO: 
7) Нет ни одного случая разрыва данного домена.
Выравнивание в формате MSF
- Самый короткий мотив PF01261 (AP_endonuc_2), описан в Pfam. Как называется тип распознающего правила?
- Самый длинный мотив - Xyl_isomerase-like_TIM-brl - описан в двух базах данных. В CATH protein structure classification как G3DSA:3.20.20.150 и в Suerfamily HMM library and genome assignments server как SSF51658.
- Структурные подписи, интегрированные в InterPro:
- Границы структурных доменов отличаются от границ доменов в Pfam, при этом границы структурных доменов могут и отличаться
друг от друга, и совпадать:
База данных № аминокислотных остатков Pfam 20-225 CATH protein structure classification 1 - 278 Suerfamily HMM library and genome assignments server 1 - 278 PANTHER Classification System 1 - 273