Создание паттернов аминокислотных последовательностей

На страничку второго семестра



  1. Задание 1


    2. Выранивание получилось сомнительное, подходящих фрагментов мало, поэтому пришлось выбрать без пробелов.
    Выделение фрагмента: участок выравнивания между зелеными линиями.


    Характеристика паттерна Паттерн В скольких последовательностях банка Swiss-Prot найден мотив, удовлетворяющий паттерну? Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены?
    Фрагмент последовательности L-K-E-I-G-F-S-D-V-V В одной, в моем белке только мой белок
    Сильный L-[KDR]-E-[IM]-[GK]-[YF]-[TSDN]-[DGR]-[YIVT]-[VIA] 17 да, все
    Слабый L-[KDR]-E-[IMLV]-[GK]-[YF]-[TSDN]-[DGR]-[YIVT]-[VIALM] 17 (те же самые находки) да
    Сильный [LIV]-[KDRE]-[ED]-[IMLV]-[GKR]-[YF]-[TSDN]-[DGRE]-[YIVTC]-[VIALM] 48 да, все

    Описания слабых паттернов.
    1. В третьей и десятой позициях добавила еще алифатические аминокислоты, во второй позиции - глутамин. Находки остались теми же.
    2. Плюс к предыдущим изменениям разрешила еще несколько аминокислот в разных позициях исходя из их химических свойств. Число найденных последовательностей увеличелось больше чем в два раза, причем судя по таксонам, к которым принадлежат найденные белки, это гомологи. выполняющие сходные функции.


  2. Задание 2


    3. Идентификатор документа PROSITE (AC) Название мотива Краткое описание мотива Тип подписи (паттерн, профиль) Паттерн (регулярное выражение) Специфична ли подпись? Сколько мотивов нашлось в белке?
    PS00006 CK2_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования кеназы казеина 2 (Casein kinase II phosphorylation site) паттерн [ST] - x(2) - [DE] неспецифична 7
    PS00008 MYRISTYL Сайт N-миристоилирования паттерн G - {EDRKHPFYW} - x(2) - [STAGCN] - {P} неспецифична 2
    PS00005 PKC_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования киназы белка С (Protein kinase C phosphorylation site) паттерн [ST] - x - [RK] неспецифична 3
    PS00004 CAMP_PHOSPHO_SITE Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой киназы белка (cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site) паттерн [RK](2) - x - [ST] неспецифична 2
    PS00009 AMIDATION Сайт амидирования (Amidation site) паттерн x - G - [RK] - [RK] неспецифична 1

© Karavaeva Julia 2009