A- и В- формы ДНК. Структура РНК.

На страничку третьего семестра

Задание 1

Структуры A-, B- и Z- форм ДНК (последовательность atgc*5) в формате *.pdb:
A-форма
B-форма
Z-форма



A-форма	A-форма (с торца)
B-форма	B-форма (с торца)
Z-форма	Z-форма (с торца)




Задание 2.



Упр. 1

а) сахарофосфатный остов ДНК
б) все нуклеотиды
в) все аденины
г) атом N7 во всех гуанинах
атом N7 в первом по последовательности гуанине


В обеих структурах нет разрывов:

Остов заданной тРНК

Остов заданной ДНК




Задание 3.



Упр. 1



A-форма

В-форма

Z-форма



Рассматриваемое основание - тимин.
Для А-формы:
1. В сторону большой бороздки обращены атомы N1, N3, C2, C6, O2
2. В сторону малой бороздки обращены атомы C4, С5, С5M, O4


Для В-формы:
1. В сторону большой бороздки обращены атомы N3, C4, C5, C6, C5M, O4
2. В сторону малой бороздки обращены атомы N1, C2, O2


Для Z-формы (для цитозина):
1. В сторону большой бороздки обращены атомы N3, N4, C4, C5, C6
2. В сторону малой бороздки обращены атомы O2, С2, O1



Упр. 2



	A-форма	B-форма	*Z-форма
Тип спирали	правая	правая	левая
Шаг спирали (Å)	28,03	33,75	43,50
Число оснований на виток	11	10	12
Ширина большой бороздки (Å)	(G) 16,49	(A) 17,21	(C) 18,30
Ширина малой бороздки (Å)	(G) 7,98	(A) 11,69	(C) 9,68




Упр. 3



Торсионные углы для тимидина	alpha	beta	gamma	delta	epsilon	zeta	chi
А-форма Презентация	-62	173	52	88 или 3	178	-50	-160
А-форма	-51.68	174.80	41.70	79.09	-149.80	-75.09	22.73
B-форма Презентация	-63	171	54	123 или 131	155	-90	-117
B-форма	-29.89	136.32	31.10	143.34	-140.77	-160.80	-98.00




Задание 4.



Упр. 1.



1) Сравнение торсионных углов в разых формах ДНК.



Торсионные углы в A-форме ДНК

Торсионные углы в B-форме ДНК

Торсионные углы в Z-форме ДНК



В А- и В-формах наиболее близки значения торсионных углов gamma и epsilon, а наиболее различаются углы delta, zeta и chi.
В Z-форме значения торсионных углов чередуются. Во всех торсионных углах, корме угла alpha, Z-формы ДНК одно из значений близко к значению соответствующего угла в А- или В-форме ДНК. У угла delta одно из значений близко к А-форме, другое - к В-форме.


2) Торсонные углы в заданной тРНК.

Торсионные углы в заданной тРНК:

Торсионные углы в цепи I

Торсионные углы в цепи II



Ближе всего значения торсионных углов в заданной тРНК к А-форме ДНК. Но иногда прослеживается чередование значений, сходных со значениями Z-формы. Но не по всем углам и довльно редко.


3) Торсонные углы в заданной ДНК.



Торсионные углы в цепи I

Торсионные углы в цепи II



Желтым отмечены значения угловв, наиболее отклоняющиеся от среднего.
Таким образом, наиболее деформированные нуклеотиды: в цепи 1 - 7Т, 8А, 11С, 13Т, в цепи 2 - 2G, 6A, 8T.