Скприпт, выделяющий заданные группы атомов. Изменяя параметры оператора within можно выделять атомы, между которыми возможны
интересующие нас контакты. (здесь выделены неполярные контакты между атомами азотистых оснований, обращенных в сторону
малой бороздки и атомами ДНК).
Контакты атомов белка с
Полярные
Неполярные
Всего
остатками 2'-дезоксирибозы
нет
9
9
остатками фосфорной кислоты
9
10
19
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки
7
5
12
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки
2
нет
2
Резюме:
1) Больше всего контактов с белком образуют отстатки фосфорной кислоты.
2) Меньше всего контактов в белком образуют атомы азотистых оснований со стороны малой бороздки, со стороны большой борозки контактов
больше (вероятно, это обусловленно пространственным расположением атомов, больше свободного пространства для возможноых
контактов именно со стороны большой бороздки).