Gene Ontology

На страничку четвертого семестра



  1. Знакомство с терминологией GO.

    2. Описание функции белко IOLI_BACSU в соответствии с GO-аннотацией
      Онтология GO (название словаря) Количество разных ассоциированных терминов GO Функция белка
    (краткое описание, близкое к тексту определения термина(ов) GO
    Где? Не найдено    
    Зачем, для чего? Не найдено    
    Молекулярный механизм? Molecular Function 2 1)Катализирует структурные или геометрические изменения внутри одной молекулы. Изомераза - систематическое название ферментов класса 5 из ЕС.
    2)Селективно нековалентно взаимодействует с ионами любых металлов.
    Специфичность? Не найдено    

    Описание терминов GO, ассоциированных с белком IOLI_BACSU.

    Для моего белка найдено только 2 термина, оба принадлежащих одному словарю:
    1) Isomerase activity, GO:0016853
    2) Metal ion binding, GO:0046872
    Описание терминов GO
    GO ID выбранного термина Список синонимов Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи
    GO:0016853 other isomerase activity Связь is_a
    catalytic activity (GO:0003824)    		 Связь is_a
    1) 4-amino-5-hydroxymethyl-2-methylpyrimidine phosphate synthase activity (GO:0070284)
    2) cis-trans isomerase activity (GO:0016859)
    3) dihydroneopterin triphosphate 2'-epimerase activity (GO:0008719)
    4) DNA topoisomerase activity (GO:0003916)
    5) hepoxilin A3 synthase activity (GO:0051120)
    6) hexulose-6-phosphate isomerase activity (GO:0043800)
    7) intramolecular lyase activity (GO:0016872)
    8) intramolecular oxidoreductase activity (GO:0016860)
    9) intramolecular transferase activity (GO:0016866)
    10) N-acylmannosamine-6-phosphate 2-epimerase activity (GO:0009385)
    11) racemase and epimerase activity (GO:0016854)
    12) S-adenosylmethionine:tRNA ribosyltransferase-isomerase activity (GO:0051075)
    13) thiocyanate isomerase activity (GO:0050335)
    GO:0046872 narrow: heavy metal binding
    exact: metal binding    		 Связь is_a
    cation binding (GO:0043169)     		Связь is_a
    1) alkali metal ion binding (GO:0031420)
    2) calcium ion binding (GO:0005509)
    3) lead ion binding (GO:0032791)
    4) magnesium ion binding (GO:0000287)
    5) metal chelating activity (GO:0046911)
    6) transition metal ion binding (GO:0046914)


    GO:0016853 GO:0046872


  2. Оценка качества функциональной аннотации белков в UniProt.

    3. Определите число реальных и гипотетических белков из орангутана (Pongo).
    Таксон: Орангутанг (рус.), Оrangutan (англ.), Pongo (лат.)
    Taxonomy ID: 9599
    Ранг: genus

    Соотношение между реальными и гипотетическими белками из орангутана Pongo (по данным UniProt)
      Количество в UniProt Количество в UniRef100
    Существование белка доказано экспериментально 10 14
    Известны только соответствующие транскрипты 2120 2119
    Гипотетический белок, предсказан по гомологии 318 388
    Иные предсказанные гипотетические белки 4 4


    Очень странно, что экспериментально докзано существование 10-15 белков, а транскриптов известно в 200 раз больше. Но даже 2000 - очень малое сисло белков даже для одного организма.

  3. Использование GO для работы с массовыми данными.

    4. Описание протеома бактерии Gluconobacter oxydans.


    Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией.

    Функция - Биосинтез пуринов (purine biosynthesis).
    Найден 21 термин, я выбрала "purine base biosynthetic process ".
    ID - GO:0009113
    Словарь - Biological Process В орангутане находок нет. В человеке найдено 5 белков.
    Запрос SRS - ((([swissprot-Organism:homo*] & [swissprot-Organism:sapiens*]) | [swissprot-Organism:homo sapiens*]) & ([swissprot-DBxref:GO:0009113*] > parent ))
    Файл с fasta-последовательностями.

© Karavaeva Julia 2009