Участок выравнивания:
Выравнивание в msf формате
prophecy:
В файле, выданном программой, содержится длина выравнивания, максимальный счет, порог, конценсус и часотная матрица.
Файл, выданный программой profit
Файл Exсel с полученными находками.
Общее число находок: 492025
Число находок со счетом от 40: 26512
Число находок со счетом от 50: 1550
Число находок со счетом от 60: 494
*в задании рассматриваются находки со счетом от 45 , таких находок 6834.
При проверке на наличие двух подходящих участков в одном белке количество находок уменьшилось до 6691.
В Prosite найдено 129 белков подсемейства с помощью полученного паттерна.
1) True positive hits, TP: 136.
2) False positive hits, FP (ошибки первого рода): 6555.
3) False negatives, FN (ложноотрицательные результаты, ошибки второго рода): 1.
4) Чувствительность: 0,9999.
5) Селективность: 0,0203.
Чувствительность профиля =0,9999, что лучше чувствительности паттерна (88%).
Для того, чтобы селективность профиля была близка к селективности паттерна (95%) необходимо брать порог 89. При этом пороге чувствительность немного снижается (0,9887).
Таким образом, профиль работает лучше, чем паттерн.