Работа с доменом
Мною был выбран домен Kringle domain, в таблице ниже его описание.
| AC pfam | PF00051 |
| ID pfam | Kringle domain | Short name | Kringle |
| #seed | 23 длина выравнивания 85 |
| #all | 19 411 |
| #sw | 95 |
| #architectures | 1 170 среди них на 26 архитектур приходится больше 100 белковых записей, для остальных меньше. репрезентативные белки первых трёх архитектур, содержащие более 1000 записей: 1) фактор роста гепатоцитов P17945 2) гипотетический аполипротеин Q16609 3) плазминоген P00747 |
| #3D | 134 |
| AlphaFold | ~ 12 000 |
| taxonomy | ~ 4 000 |
| Bacteria | 2 Pseudoalteromonas amylolytica, Acidimicrobiaceae bacterium |
| Eukaryota | ~ 4 000 среди них: SAR, Haptista, Discoba, Viridiplantae, Cryptista, Opisthokonta. большая часть записей белков хордовых домен представлен у таких важных организмов, как: Homo sapiens, Mus musculus, Danio rerio, Drosophila melanogaster |
| description | домен найден в белках свертывания крови (плазминоген, протромбин), также факторах роста гепатоцитов. возможно играет роль в связывании с мадиаторами. почти полностью состоит из бета-листов, структуру поддерживают несколько дисульфидных мостиков. |
Рассмотрим доменные архитектуры фактора роста гепатотита крысы и человеческого аполипротеина а. Я выбрала эти белки, поскольку аполипротеин состоит только из одного этого домена, а фактор роста гепатоцитов содержит 4 таких домена подряд и еще два других. Выравнивание и карта локального сходства идеально иллюстрирют множественную дупликацию. Мутаций очень мало, что может свидетельствовать о недавнем расхождении генов.
| Доменная архитектура 1 | PF00024 - PF00051 - PF00051 - PF00051 - PF00051 - PF00089 |
| Белок с доменной архитектурой 1 | HGF_RAT | Доменная архитектура 2 | PF00051 |
| Белок с доменной архитектурой 2 | LPAL2_HUMAN |